BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,133	A→G	31.6%	V140A (GTA→GCA)	tpn ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,133	0	A	G	31.6%	279.4 / 253.8	317	V140A (GTA→GCA)	tpn	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (108/107); new base G (50/49); total (160/157)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.76e-01

Only 100 of 320 total aligned reads displayed.

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35994‑36273

tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTGAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                                              <  1:73167/141‑1 (MQ=255)

 gcggTAGTGATACTTTGATACCTTGACTTTCTTACTTTAATAGAACGGCGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTGCGATGTACAATGGCAATCAAGCTTAAGTTTAAAAGCTTTGATTACTTTAACAATTGCTAcc                                                                                                                                             >  2:72735/4‑141 (MQ=14)

 gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                                             >  1:259627/4‑141 (MQ=255)

 gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                                             >  1:397932/4‑141 (MQ=255)

 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTCCTAcc                                                                                                                                             >  2:26428/1‑141 (MQ=255)

  cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCt                                                                                                                                            <  1:117116/141‑1 (MQ=255)

    gTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTATTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTc                                                                                                                                          <  1:221902/141‑1 (MQ=14)

     tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                                                                         >  2:2287/1‑141 (MQ=255)

      aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                        <  1:210583/141‑1 (MQ=40)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                       >  2:370201/1‑141 (MQ=255)

          aTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGaa                                                                                                                                    >  2:116435/1‑141 (MQ=255)

            aCTTTGTCACCTTTTCTTTCTTACTTTAATTTGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                                  <  2:60486/141‑1 (MQ=14)

            aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACCTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                                  <  1:156856/141‑1 (MQ=255)

               ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                               >  1:305808/1‑141 (MQ=255)

               ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                               <  2:349040/141‑1 (MQ=255)

               ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTATAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                               <  2:254445/141‑1 (MQ=255)

                tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                              >  1:196622/1‑141 (MQ=38)

                   tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                                           >  2:102138/1‑141 (MQ=255)

                    agcTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATACTGCACGAAGAGGCCAGTAAGCAGTTCCAATGCACAAAGATAGTCACGGTTATATTTGAACGCTTTGATAATTTTAGCCATTGGTTCGTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                                          >  2:133866/3‑141 (MQ=255)

                      cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGctct                                                                                                                        >  1:246926/1‑141 (MQ=255)

                      cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                                        <  1:188958/141‑1 (MQ=255)

                        tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTCTTTCAATGAGGTTATTCTGTTCTTTCGATGTACAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTCACCATTGCTACCTTTGTTGAAGTTGCCTGATCTGt                                                                                                                      >  2:281613/1‑141 (MQ=11)

                           ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaac                                                                                                                   >  1:93532/1‑140 (MQ=255)

                            gttcttACTTTAAGATGACGGTGGTCGTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTGGATGTACAATGACAGTCAGGGTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaact                                                                                                                  <  2:178610/140‑3 (MQ=11)

                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                                                >  2:341900/1‑141 (MQ=255)

                               cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTAcc                                                                                                               >  2:398934/1‑141 (MQ=255)

                               attACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACGTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACTTAcc                                                                                                               >  2:166171/2‑141 (MQ=14)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                              >  1:181127/1‑141 (MQ=255)

                                  aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTGCCttt                                                                                                            >  1:381795/1‑141 (MQ=255)

                                    tttAATTTGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg                                                                                                          <  2:394024/141‑1 (MQ=255)

                                     ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑a                                                                                                        <  2:395445/141‑1 (MQ=255)

                                     ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑a                                                                                                        >  1:148673/1‑141 (MQ=255)

                                       aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑Agg                                                                                                      <  2:51079/141‑1 (MQ=25)

                                         tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑Aggct                                                                                                    >  2:89165/1‑139 (MQ=255)

                                           tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTA‑AGGTTTa                                                                                                  >  2:384140/1‑141 (MQ=255)

                                            tcagctGATCTTGCTCAATTATGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTCTAATTACCTTTTG‑AGGTTTAc                                                                                                 <  2:273905/136‑1 (MQ=11)

                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTAc                                                                                                 >  2:298240/1‑141 (MQ=255)

                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTAc                                                                                                 <  1:316214/141‑1 (MQ=11)

                                             gcGGTGATCTTGCTTAATGATGTTATTCATATATTTCGATGTACACTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttttcaagcgtacc                                                                                                 <  2:47245/140‑11 (MQ=11)

                                                gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTATCTTTTG‑AGGTTTACCaaa                                                                                             <  2:25025/141‑1 (MQ=12)

                                                  tgactggCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAAtt                                                                                           <  1:82361/135‑1 (MQ=11)

                                                  gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTCCCTTTTG‑AGGTTTACCAAAtt                                                                                           >  2:10635/1‑141 (MQ=12)

                                                    tcgtccttaaTGAGGTTATTTAGATTTTTCGCTGTTCATTGTCTGTCAGGTTTATGTTTTACAGCTTTAACTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑TGGTTTACCAAAtttt                                                                                         <  2:28736/133‑3 (MQ=2)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTTATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAATTTGt                                                                                         >  2:332668/1‑141 (MQ=11)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGt                                                                                         >  2:145747/1‑141 (MQ=17)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTT‑AGGCTTACACAATTGt                                                                                         >  1:102962/1‑141 (MQ=11)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCACTACCTTTTG‑AGGCTGACCagcgtgt                                                                                         >  2:56558/1‑135 (MQ=11)

                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGtt                                                                                        >  1:162852/1‑141 (MQ=17)

                                                     cTTGCTAAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGtt                                                                                        >  2:220645/1‑141 (MQ=255)

                                                      ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGttt                                                                                       <  1:56143/141‑1 (MQ=17)

                                                      ttGCGCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGttt                                                                                       <  2:33839/141‑1 (MQ=11)

                                                           cAATGAGGTTCTTCAGATTTTGCGCGCTTCGATGGGAGTCAGGTTTAAGTTTGGAGGGTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                  <  1:52897/141‑1 (MQ=11)

                                                           cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                  <  2:250904/141‑1 (MQ=12)

                                                           cAATGAGGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                  <  2:327302/141‑1 (MQ=11)

                                                           aaaTGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGTTGCCTGATCTGTAACT‑CCTTTTGTATCCTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                  <  2:85482/140‑1 (MQ=11)

                                                            aaTGAGGTTATGCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                                 <  2:215425/141‑1 (MQ=17)

                                                               gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAGTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑CGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGCCg                                                                              >  1:243979/1‑141 (MQ=11)

                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTCATGAGACGt                                                                             >  1:106989/1‑141 (MQ=11)

                                                                 ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAGTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                            >  1:200519/1‑141 (MQ=12)

                                                                 ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                            <  2:190272/141‑1 (MQ=17)

                                                                 ggTTATTAAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                            <  2:318890/141‑1 (MQ=11)

                                                                 ggTTATTAAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                            <  2:307409/141‑1 (MQ=11)

                                                                   ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          <  1:353440/141‑1 (MQ=17)

                                                                   ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          >  1:392516/1‑141 (MQ=17)

                                                                   ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          <  1:46378/141‑1 (MQ=11)

                                                                    tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTAAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                                         <  1:205942/141‑1 (MQ=12)

                                                                    tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTCATTATTTTAGAAATTGTTAAAGGCGTTGCGGCAGAAGGTTCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                                         <  1:191450/141‑1 (MQ=2)

                                                                     aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGATCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGaa                                                                        >  1:172714/1‑140 (MQ=11)

                                                                      ttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAACTTGTTTAATGAGACGGTTGCTa                                                                       >  2:366764/1‑141 (MQ=11)

                                                                       tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTTATaa                                                                      >  2:68272/1‑141 (MQ=11)

                                                                         aGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                                    >  2:23891/1‑141 (MQ=32)

                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACTAATGTTAACTTCATTTAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACAAAATTGTTTAATGAGCCGTTTGATAAACGc                                                                  >  2:260413/1‑141 (MQ=11)

                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                                  >  1:330742/1‑141 (MQ=17)

                                                                             atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                                <  1:325226/141‑1 (MQ=11)

                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                             >  2:224928/1‑141 (MQ=12)

                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                             <  1:178690/141‑1 (MQ=17)

                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                             >  1:289134/1‑141 (MQ=12)

                                                                                tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGGAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                             <  2:151083/141‑1 (MQ=11)

                                                                                 cgctGTACAATGACAGTCAGGTCTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCGTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGACTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAACCGccgaggc                                                            >  2:158186/4‑135 (MQ=11)

                                                                                 cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                            <  2:43526/141‑1 (MQ=17)

                                                                                  gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                           >  1:19904/1‑141 (MQ=12)

                                                                                  gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                           >  1:280942/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                                      <  1:342934/141‑1 (MQ=17)

                                                                                         aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                    <  1:366461/141‑1 (MQ=11)

                                                                                          aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTGGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGATTACCCAATTCTTTAATGAGAAGTTTGATAAACGCATATGCTGAAGGAtt                                                   <  2:36211/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                               ttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt              <  2:396487/141‑1 (MQ=14)

                                                                                                                                tcgctaTTGCATCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAACTTGTTGAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTc             <  1:25274/136‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                taaccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTTCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTc             <  1:26428/138‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                 aGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCTTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc            <  1:150148/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                  gCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc           >  1:139572/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   ccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCct          >  1:337239/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                                                     aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCCAATGTCTAATGTATGTTCctct        >  1:354310/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                                                     aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct        >  1:225958/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                                                      ttGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTG‑AGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTg       >  2:292752/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                                                       tGCTACCTTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTATCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGc      <  1:102138/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                       tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGc      >  1:372603/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                                                         ccaCCTTCGTCGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCACATTGTTTAATGCGACGTTTGATAAACTCAGATGCTGAATTAGTATCTCGTTGCTGACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAt    <  2:94132/139‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                         cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAt    >  1:43531/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                                                          tACCTTCGATGAAGGTGCCTGATCTTTAATTACCTTTTG‑ATGTTTACCGAATTGTTGAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc   <  1:110400/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                           aCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACCTTTTG‑AGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGATGAATGATTATCTCGTTGCTTAGGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgtgtca  >  1:351269/1‑136 (MQ=11)

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTG‑AGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35994‑36273

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`