| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,105,994 | T→C | 100% | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 100.0% | 78.2 / ‑6.5 | 26 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (11/13); minor base A (1/0); total (12/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTT > CP000730/1105859‑1106121 | tGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAAGCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAga > 1:376216/1‑140 (MQ=255) gACCACAGACAAATTGCTGGTGCAACTGGCCAAAACGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTa < 1:117187/141‑1 (MQ=255) caGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCgg > 1:13028/1‑141 (MQ=255) aaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATTCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCgg < 2:261139/140‑1 (MQ=255) cAAATGGATGGGGCACCTGGACAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATAAAATAATCCAGAATTCTTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCAGAGTAATAGGGGCa > 2:11617/1‑141 (MQ=255) ccAAAATGCAATGAATCACATTAAAAGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGCAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCTGAGCAAGTCCTGGGGgttgcgttgc > 2:58169/1‑141 (MQ=255) aTGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGTAGATTTCCTTAGGGAGACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCaa < 1:93517/141‑1 (MQ=255) cAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTc < 1:396324/141‑1 (MQ=255) aTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAg < 2:281924/141‑1 (MQ=255) cacaATAACCATTTATTAAATAATCAAGACTTATTATTAATGGACGGGTAAAATATGGTCGATGGAGATTTCACAATTGAAACAGA‑GACAGTAGTAATCGGGCCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGGAATTCGTGAAGca > 2:102192/1‑140 (MQ=255) gTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAc < 1:113837/141‑1 (MQ=255) attaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCATTTCGTGCAGCGCAATTAGGACaaaa < 1:218474/141‑1 (MQ=255) ttaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TCCCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaaaa > 1:176032/1‑141 (MQ=255) taatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAAc < 1:336695/141‑1 (MQ=255) aaatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAAc < 2:298344/140‑1 (MQ=255) tattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAg > 1:7812/1‑141 (MQ=255) ggTAAAAACTGGTATTTTGAGAGTGCCAAATTGAACCAGAGTAC‑ATAGTAATCGGATTAGGTGCTGGTGGATACGCTGCAGCAACTCGTGCAGGGCAATTAGTACAACAATTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtg < 2:170318/141‑1 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtggg > 1:360744/1‑140 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:98679/1‑141 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGAGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAAAAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:174238/1‑141 (MQ=255) aaaaCATGGTAGGTGGAGATTTCTCAAGTGAGATAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAAGTCGTGCAACTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTGGAGAAAGGTACTCTTGgcggtg > 2:264062/1‑141 (MQ=255) gatacttGGATATTTAACAATTGAAACAGA‑TAACATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATAAGTTGCAGCAATTAGTGCAGCACAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 2:288861/136‑1 (MQ=255) agaTTTCCCAGTTGAAACAGA‑TGCCATAGAAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTATATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg < 2:13028/141‑1 (MQ=255) aTTTCCCAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt > 1:61856/1‑141 (MQ=255) cccAATTGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTAt < 2:323396/141‑1 (MQ=255) ttGAAACAGA‑TACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGGTACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt < 1:226537/141‑1 (MQ=255) | TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGA‑TACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTT > CP000730/1105859‑1106121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |