Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 1,539,250 C→G 100% intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_1405 chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,539,2500CG100.0% 56.6 / NA 21intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_1405chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (9/12);  total (9/12)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

AAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTT  >  CP000730/1539139‑1539381
                                                                                                               |                                                                                                                                   
aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAatat                                                                                                        >  2:25234/1‑141 (MQ=255)
          ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa                                                                                              <  2:385617/141‑1 (MQ=255)
          ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATAAGTGCGTATAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa                                                                                              <  2:385757/141‑1 (MQ=255)
                 actaaaatctaaTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAATGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAACTATACATATGTTAAGCGCtt                                                                                       >  2:244128/12‑141 (MQ=255)
                 aaTATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTGAGCGCtt                                                                                       >  2:70862/1‑141 (MQ=255)
                               gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                         >  1:19495/1‑141 (MQ=255)
                                  aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                                      >  1:109721/1‑141 (MQ=255)
                                      aaGCAGATAACATACTCACTCAATTTCATAGTAAAAAATAACTAACTTTTAAGTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATAATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTTTACTTTGACTTCaaa                                                                  <  2:295430/140‑1 (MQ=255)
                                           aataatATATTAACTACATTTCATAATATAAAAGAACGAGCTGTTTAGTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGATGAAAAAACTTATGATATTAAAATATACAGATGTTGCGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTTAAAAaaat                                                             <  2:105695/141‑1 (MQ=255)
                                             taataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                           <  2:57003/141‑1 (MQ=255)
                                             aaataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                           <  2:374495/140‑1 (MQ=255)
                                                 ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAGAAATATAATCaa                                                       >  1:340963/1‑141 (MQ=255)
                                                              ttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAAt                                          <  1:7003/141‑1 (MQ=255)
                                                                 ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAGTATAATAAATTCTTTTACTAATAct                                       >  1:223260/1‑140 (MQ=255)
                                                                        aaaaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaaa                                <  1:25234/141‑1 (MQ=255)
                                                                             aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaa                           >  1:353515/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             ttaATAAATTTAAATGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATATTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa           <  2:93203/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa           <  2:164701/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               aataaATGTAATCTGTGCGTTTAAAAAAAGTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGTGCTTTTGTTATACTTGTACTTGAAAAATATAAGCAATTTTTGTACTAAGACATGAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa         <  2:29641/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtt   >  1:80867/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttt  <  1:320963/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                               |                                                                                                                                   
AAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTT  >  CP000730/1539139‑1539381

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: