| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 63.2% | 3.8 / inf | 466 | intergenic (+107/+1) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/106); new base T (143/151); total (208/258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 479 total aligned reads displayed.
AATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTT > CP000730/35728‑36024 | aTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAACATATAGCTAACCACTAATCTATCATGGCAGTGTTCGCt > 1:1187279/1‑149 (MQ=255) aGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTTGTAATAATAGAAGGTTCTGTTGCTATGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCTTTTCATTGTTTTCTTaat > 2:325759/1‑148 (MQ=16) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAACAGTGATGTCGTTAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGc < 2:278563/149‑1 (MQ=25) cTATTCAGTATAAAGTTTTTTTTTTTTTTTGATTCCTTGAACAGGAGCTAAAATAAAATTTTGTTCTAATAGAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTTATTTTTCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCt 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cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAACCGTATATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGtcttt > 1:923858/1‑149 (MQ=17) | AATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTT > CP000730/35728‑36024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |