Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 1,539,250 C→G intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_1405 chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,539,2500CG96.4% 180.3 / NA 57intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_1405chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (26/28);  minor base T (1/1);  total (27/30)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TAAACAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGAT  >  CP000730/1539108‑1539393
                                                                                                                                              |                                                                                                                                               
tAAACAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTa                                                                                                                                           <  1:1085503/149‑1 (MQ=255)
    cAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                                       <  1:1250047/149‑1 (MQ=255)
    cAGTTGCATCATATAATAATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATCATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                                       <  1:274568/149‑1 (MQ=255)
     aGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                                      >  1:1034025/1‑149 (MQ=255)
        tGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAACtt                                                                                                                                   >  2:1133293/1‑149 (MQ=255)
         gCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTa                                                                                                                                  <  2:1021369/149‑1 (MQ=255)
           atcatATAATCATGAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGGATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                                <  2:127324/149‑1 (MQ=255)
                 taATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTa                                                                                                                          >  2:377057/1‑149 (MQ=255)
                  aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGTTATTaa                                                                                                                         <  2:492616/149‑1 (MQ=255)
                   aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaa                                                                                                                        <  1:838166/149‑1 (MQ=255)
                    tCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                                       <  1:473344/149‑1 (MQ=255)
                    tCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                                       <  1:5726/149‑1 (MQ=255)
                    tCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAAGAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                                       <  1:962114/149‑1 (MQ=255)
                          attaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACa                                                                                                                 >  2:535054/1‑149 (MQ=255)
                                   tagtAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                        <  1:488107/146‑1 (MQ=255)
                                   gATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                        <  2:598621/149‑1 (MQ=255)
                                    aTTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGCTAAgg                                                                                                       >  1:624242/1‑148 (MQ=255)
                                    aTTAGCAGTATTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAgc                                                                                                       >  2:889467/1‑149 (MQ=255)
                                          cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtttt                                                                                                 >  2:479644/1‑149 (MQ=255)
                                                      agcgttgcGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACAATTCTTAATACAAACGATCGAACTGTTAGTTATTAATAACGTGAATCAGTTCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAGATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACgttta                                                                                     <  2:175913/142‑3 (MQ=255)
                                                      aTCGTATCGCAATTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAAAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATAAAAACAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                                     <  2:248460/149‑1 (MQ=255)
                                                      aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                                     <  2:1341619/149‑1 (MQ=255)
                                                      aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTAACTACATTCCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                                     <  2:682940/149‑1 (MQ=255)
                                                             cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGAGCTTTTGTTTTATTTTGACTTTaaa                                                                              >  2:181940/1‑149 (MQ=255)
                                                              gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCgaaa                                                                             <  2:13984/149‑1 (MQ=255)
                                                                aaCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAat                                                                           <  1:1281955/149‑1 (MQ=255)
                                                                aaCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAat                                                                           <  1:579343/149‑1 (MQ=255)
                                                                            taataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCt                                                               <  2:1128404/149‑1 (MQ=255)
                                                                            taacaTACTGACTACATTTCTTAACACAAAAGATCGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTTTTATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCt                                                               <  1:149430/149‑1 (MQ=255)
                                                                                   cTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTa                                                        >  2:392048/1‑149 (MQ=255)
                                                                                     gACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAAt                                                      >  2:1189793/1‑149 (MQ=255)
                                                                                       cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCCGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTAAAAAATATAATCAACTCTTTTACTAATAc                                                    >  2:77320/1‑149 (MQ=255)
                                                                                       cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAACAATATAATCAATTCTTTTATTAATaa                                                    >  2:308694/1‑148 (MQ=255)
                                                                                       cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAc                                                    >  1:1341501/1‑149 (MQ=255)
                                                                                       cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAAATATGTTAATCGCTTTTGTTTTACTTTTACTTCTAAATTATAATAAATTCTTTTATTAATaa                                                    >  2:614324/1‑148 (MQ=255)
                                                                                       cTACATTTCTAAATACAAAAGAACGAACTATTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTTCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAAATATGTTAATCACTTATATTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtatttttactac                                                    >  2:583003/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaa                                               >  1:1059856/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                 tAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                                          <  2:1202414/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                   aTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAATTTGACTTCAAAAATATAATCCATTCTTTTTCTAATACATAAAACAtata                                        >  2:635000/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                 acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCTGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAAAACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGta                          <  1:811427/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCCGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGta                          <  1:811242/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtttt             <  2:839345/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               agaaaGTTAATGAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttttt            <  2:1139795/147‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aaaaaGTTAACTAGTGAGTTTAAAAAAATTAAGATATTAAAAAAAACATATGTTAATTGCTTTCGTGAAACTATGACTTCAAAAATATAATCAATTATTGTACTAATTCATAAATAATATCAATGAAAATAAAAATAAAAATAAttttt            <  2:46497/147‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                aaaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTg           <  2:553972/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  aaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATCTGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGtt         >  1:929025/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                  aaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAACATATAATCAATTCTTTTACTAGTGCATAAAAAATAGACATACGGGACAGTAGAAAAATAATTTTTGtt         >  1:507444/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                    gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTtat       <  1:137380/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      tAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGATTCAGTATAAAAATAATTTTTGTAATAg     >  2:542884/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                      tAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAAAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAg     >  1:13534/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGa   >  1:1307728/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGa   >  2:584824/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGa   >  2:584540/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGa   >  2:1261606/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                        aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATAAACATCTGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAACTGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGa   >  1:140288/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                         tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGAt  <  2:1059856/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGAt  >  1:1039279/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                                              |                                                                                                                                               
TAAACAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTATAGGAT  >  CP000730/1539108‑1539393

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑