| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,279,705 | G→A | intergenic (+1373/+6659) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,279,705 | 0 | G | A | 98.0% | 453.1 / NA | 153 | intergenic (+1373/+6659) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (61/89); total (63/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > CP000730/2279564‑2279849 | cAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACGgttgtt > 1:406309/1‑149 (MQ=255) ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa < 1:935085/149‑1 (MQ=255) ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTCTTGGTTTCACT‑GTAAAGTCCTCGACCATTGCTGGACTGCTTCTTGCTTCATCGACAATACTAACGGTGGTATCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa < 1:1327171/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCAc < 2:773618/149‑1 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTACTGGTTT‑ACGAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCt > 1:671054/1‑149 (MQ=255) tgTTGATTTTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 1:511337/148‑1 (MQ=255) atttGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 2:579787/147‑1 (MQ=255) ttGATTCTGCTTCTGTTTT‑ACTAGTTTCATCGTTATCCCTTGTCGGAGTGTTTGTTGATGCATCTACTCTAGAATTGTTATTAGCTTGCTGTTTTTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:379215/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:808379/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 1:1045567/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTGCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 1:837839/149‑1 (MQ=255) ttGATTCTACCTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 1:633325/149‑1 (MQ=255) tggATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:1325725/147‑1 (MQ=255) gtGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCTTTGTCGGACTGTTTGTTGATGTATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa < 2:641842/148‑1 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc > 2:180335/1‑149 (MQ=255) tttCTACTTTTGTTTT‑ACTAGTTACATCGTTTTCCATTGTCGGACTGTTTGTGTATCCACCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTTCTGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACta < 2:141251/148‑1 (MQ=255) tttCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACta < 2:1162503/148‑1 (MQ=255) aTTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTTCATCTTTATCCATTGTCGGACCGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCCGAGGGGACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACta < 2:288385/149‑1 (MQ=255) aTTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACta > 2:223919/1‑149 (MQ=255) tCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtatt > 2:642259/1‑149 (MQ=255) tACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGGTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATTACtatt‑‑at > 2:470649/1‑149 (MQ=255) aCTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGAACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTatt‑‑att > 1:1195966/1‑149 (MQ=255) tCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑CTTT‑gg > 2:33437/1‑149 (MQ=255) tCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑gg > 2:249547/1‑149 (MQ=255) tCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑gg < 2:774010/149‑1 (MQ=255) tt‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGtgttgt < 2:1236056/149‑1 (MQ=255) t‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTc < 1:993467/149‑1 (MQ=255) t‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTc < 1:374692/149‑1 (MQ=255) t‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTc < 1:1125736/149‑1 (MQ=255) tccttgttccttCGTTGTCCCTTGTCGTACTGTTTGTTTATGCATCTACATTATAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTTTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTTTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTc < 2:922447/138‑1 (MQ=255) tactgtttACATCGTTATCCATTCCCGGTCTGTCTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTc < 2:1068985/143‑1 (MQ=255) gTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGgaga < 1:237846/149‑1 (MQ=255) gTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGgaga < 1:601258/149‑1 (MQ=255) tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTCTT‑‑ATTT‑GGTGTGGTCGGAGAAg > 1:406271/1‑149 (MQ=255) aTCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTGGTCGgaggagagg > 2:238323/1‑146 (MQ=255) aTCGTTATCCATTGTCGGACTGATTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGt > 1:702333/1‑149 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAGTTGTTATTAGCTGGCGGTTTATAATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCGTCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTTTCGGCGAAgactc > 1:70937/1‑145 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTc > 1:112014/1‑149 (MQ=255) gTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCCCATGCTCTAGCATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTCTT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 2:289667/1‑149 (MQ=255) gTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTGGCGTTGTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 1:1047825/1‑149 (MQ=255) tATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCt > 2:1262560/1‑149 (MQ=255) ccATTGTCGGACTTGTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTg < 1:953670/149‑1 (MQ=255) ccATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCGGCATCCCTGTG‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTg > 1:1253383/1‑149 (MQ=255) ccATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCTACACC‑‑AGTT‑TCTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTg < 1:650273/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCa > 1:1069652/1‑149 (MQ=255) tGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTTCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGGTGTTTCAGTGGTTGCCGCATAACTATT‑‑ATTT‑GGTGTGGTCGGGGGAGCGTATGCGTTGTCAt > 1:563728/1‑149 (MQ=255) tGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCAt > 1:1068495/1‑149 (MQ=255) ttgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtcgtc > 1:786522/1‑149 (MQ=255) ttgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGGTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCGGTTGCCGCATCACTATT‑‑AGTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtcgtc > 1:1163422/1‑149 (MQ=255) tgttgGTGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGtct < 2:108070/149‑1 (MQ=255) tgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCGCCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGtct < 2:1335244/149‑1 (MQ=255) tgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGtct < 1:972027/149‑1 (MQ=255) tgcttattcATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTAGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGtct < 2:832994/141‑1 (MQ=255) ttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCa > 1:1082538/1‑149 (MQ=255) ttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCa > 1:1166462/1‑149 (MQ=255) gCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATAc > 1:440332/1‑149 (MQ=255) aTCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGt < 1:336420/149‑1 (MQ=255) tAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGt < 1:1241010/149‑1 (MQ=255) gAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATCCGTTAGGTTGTcc > 1:532176/1‑149 (MQ=255) aaTTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCa < 2:1009236/149‑1 (MQ=255) gTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAt < 1:180335/149‑1 (MQ=255) tattaGCTTGCGTTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAttt < 2:314926/149‑1 (MQ=255) tattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAttt > 1:99804/1‑149 (MQ=255) ttaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGCAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTc > 2:381086/1‑149 (MQ=255) ttaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACGATT‑‑ATGT‑GGTGTTGTCGGAGCAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCGGGAtttta > 2:1642/1‑148 (MQ=255) aGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTg > 2:809222/1‑149 (MQ=255) cTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgt > 1:826976/1‑149 (MQ=255) cTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTATGATGCACGTTTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgt > 1:632425/1‑149 (MQ=255) gCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGtt > 1:949091/1‑149 (MQ=255) cGGTTTATCATTTGCATTATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 2:805543/149‑1 (MQ=255) cGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCCCCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 1:34626/149‑1 (MQ=255) cGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 1:1128399/149‑1 (MQ=255) cGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTACCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCCTTTGCTGTCGTCTCACATACGTTAGGTTGTCGAGTCTTTTCTGGTGttt > 2:672591/1‑148 (MQ=255) cGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTGACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 1:363062/149‑1 (MQ=255) cGGTTGATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGCTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑TGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 1:1022383/149‑1 (MQ=255) gttttggccttGGATCATCAGTTGCTGTTGTTACTGTTTTTTCTCCTCGTGGCGGATGACTATT‑‑GTTTCGTTGTTG‑CGGTGAAGCGTCGTCTTTGCCTGTAGCGTTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGAATTTTCTGgtgcttca < 2:144831/140‑6 (MQ=255) gTTTATCATTTGCATCATCAGTTTCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCa < 1:51696/149‑1 (MQ=255) gTTTATCAGTTGCATCAGCAGGTTCTGATGTTATTTTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCa < 2:44424/149‑1 (MQ=255) ttAGCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCAtt < 2:1052017/149‑1 (MQ=255) aTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAg < 1:14863/149‑1 (MQ=255) tCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGc > 2:219254/1‑149 (MQ=255) cATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCa < 1:565124/149‑1 (MQ=255) tttGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTTCAGTT‑GGTG‑‑GTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAtt < 1:1320958/149‑1 (MQ=255) tttGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAtt < 1:1262560/149‑1 (MQ=255) ttGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGCGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTGCTGGTGTTGCATTAGCAttt > 1:237549/1‑149 (MQ=255) ttGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTAACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCACAGCTCCGTTAGGTTGTCTAGTATTTTAAGTTGCTGCATTGCCAttt > 1:1284787/1‑149 (MQ=255) tcatcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGCAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTCTTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAtt > 2:56428/1‑149 (MQ=255) ctgTTGCTCATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCTCCACCATT‑‑ATTT‑GGTGTTTTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTTGGTTGTCCAGTATTTTCTGTTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCt < 2:98020/147‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 1:1337156/149‑1 (MQ=255) tGCTTATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTGTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTg < 2:804481/149‑1 (MQ=255) tGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTCAATTTGCTGTTg < 2:929626/149‑1 (MQ=255) tGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:829857/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCGTCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:540935/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCATTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:848039/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:223919/149‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat > 2:353278/1‑149 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:1006854/149‑1 (MQ=255) gtaTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 2:594966/147‑1 (MQ=255) aTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatca < 1:1318872/149‑1 (MQ=255) tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatcat > 2:1051424/1‑149 (MQ=255) | TCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTT‑ACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATT‑‑ATTT‑GGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > CP000730/2279564‑2279849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |