| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 973,213 | C→A | E175* (GAG→TAG) | yitU ← | possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 973,213 | 0 | C | A | 98.9% | 294.4 / ‑5.8 | 88 | E175* (GAG→TAG) | yitU | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (52/35); minor base T (0/1); total (52/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATATCATTATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATG‑GTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCATTGAAAAA > CP000730/973068‑973358 | atatCATTATCTTCATCACCGAATGCAATAATATCATCACTGTTAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATG‑GTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAat > 2:1232997/1‑149 (MQ=255)atatCATTATCTTCATCACCGAATGCAATAAGATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTCTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGAGAATG‑GTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAat > 2:988413/1‑149 (MQ=255) tATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATG‑GTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAAT‑ATGATCg < 1:655695/149‑1 (MQ=255) 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cggcGATGCTAAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCAt > 2:1183691/4‑149 (MQ=255) cGTCGATGCTAAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCAt > 1:484225/1‑149 (MQ=255) gATGCTAAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCCTTGaa > 2:255106/1‑149 (MQ=255) gATGCTAAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGCATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGCTTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCATTGaa > 2:736042/1‑149 (MQ=255) gCTAAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCATTGaaaaa < 1:17987/149‑1 (MQ=255) | ATATCATTATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATG‑GTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAAT‑ATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCATTGAAAAA > CP000730/973068‑973358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |