| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,471,910 | C→T | E10038E (GAG→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,471,910 | 0 | C | T | 98.5% | 228.9 / ‑4.2 | 65 | E10038E (GAG→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (32/32); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
TGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGCTT > CP000730/1471778‑1472046 | tGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATc < 2:810259/141‑1 (MQ=255) ggATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCt < 1:482148/141‑1 (MQ=255) aTTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGt < 2:671931/141‑1 (MQ=255) ttAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGtt > 2:140125/1‑141 (MQ=255) aGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAg > 1:32457/1‑141 (MQ=255) gctgctTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTTATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATTTGTTAGa > 2:288500/1‑141 (MQ=255) tttCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGt < 2:41778/141‑1 (MQ=255) tCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTAc > 2:265749/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTATATCAGTACGAGc > 2:854971/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc < 2:332675/141‑1 (MQ=255) cTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTAATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTGGACTTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTCTCTTTTAGATCAGTACGAGCTTTGa > 1:907681/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGCATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGAtt < 2:701252/141‑1 (MQ=255) tAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc < 2:1029800/133‑1 (MQ=255) tAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGc > 1:1029800/1‑133 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 2:542359/1‑141 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 1:674865/1‑141 (MQ=255) gTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTGTAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaa > 1:752860/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTTAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaat > 2:553184/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCatcaat > 2:229632/1‑141 (MQ=255) ttGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTTAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATg < 1:200528/141‑1 (MQ=255) ttGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATg < 1:479748/141‑1 (MQ=255) gCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGtt < 2:106022/141‑1 (MQ=255) cTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTg < 2:83738/141‑1 (MQ=255) tCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATAATATGTTGa > 2:377881/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa < 2:223252/141‑1 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa > 1:202729/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGaa > 2:11875/1‑141 (MQ=255) aCTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAt > 2:594830/1‑141 (MQ=255) aCTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAt > 2:342590/1‑141 (MQ=255) cTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAAtt > 1:272005/1‑141 (MQ=255) aTCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTc > 1:803692/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATc > 1:1022477/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCg > 2:612317/1‑141 (MQ=255) tttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAtt > 1:185241/1‑141 (MQ=255) tGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTa > 1:797357/1‑141 (MQ=255) aCGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGc < 1:168779/141‑1 (MQ=255) gAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTg > 2:192053/1‑141 (MQ=255) gAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTg < 2:90093/141‑1 (MQ=255) aTCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGAt > 2:81054/1‑141 (MQ=255) aTCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGAt > 1:646690/1‑141 (MQ=255) ttCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGt < 1:162110/141‑1 (MQ=255) cTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTaa < 2:202729/141‑1 (MQ=255) cTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTaa < 1:140125/141‑1 (MQ=255) tttAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTTTCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAAt < 2:1005813/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTgg > 1:671804/1‑141 (MQ=255) tttAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGa > 1:773312/1‑141 (MQ=255) ttAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGAt < 1:892469/141‑1 (MQ=255) ttAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGATATATCAGCATGAGCTTTTAGTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGAt < 1:459803/141‑1 (MQ=255) aaCTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTa < 1:669690/141‑1 (MQ=255) gCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGt > 2:933546/1‑141 (MQ=255) aaTAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTc < 2:291252/141‑1 (MQ=255) gCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAata > 1:472791/1‑141 (MQ=255) gCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAata > 1:472553/1‑141 (MQ=255) cttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcg < 2:351719/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcgc > 1:962535/1‑141 (MQ=255) tGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGct > 2:992023/1‑141 (MQ=255) tGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGct < 2:387050/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGctt < 1:294421/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGctt < 1:288500/141‑1 (MQ=255) | TGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGCTT > CP000730/1471778‑1472046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |