| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1205323 | 25 (0.660) | 19 (0.700) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
7/194 | 2.6 | 45.6% | intergenic (+459/‑365) | yfiE/lspA | possible lactoylglutathione lyase/A8 family signal peptidase II |
| ? | CP000730 | 2478252 = | 38 (1.000) | intergenic (+139/+932) | USA300HOU_2340/htrB | hypothetical membrane protein/hemin ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
CCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGA > CP000730/2478115‑2478386 | tttaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAca < 1:324130‑M2/4‑1 (MQ=255) cacaAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAAcag > 1:334975/1‑141 (MQ=255) taaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAcagc < 2:275484‑M2/6‑1 (MQ=255) aaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAcagcag > 2:411814‑M2/134‑141 (MQ=255) aaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaaaaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAcagcag > 2:245052‑M2/134‑141 (MQ=255) agtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTa < 2:172945‑M2/10‑1 (MQ=255) agtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTa > 1:253507‑M2/132‑141 (MQ=255) acaaacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTa > 1:279268/1‑141 (MQ=255) gtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTaa > 1:226135‑M2/131‑141 (MQ=255) gtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTaa < 2:314386‑M2/11‑1 (MQ=255) caaacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTaa < 2:204192/141‑1 (MQ=255) aaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGa < 1:252208‑M2/13‑1 (MQ=255) acTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGAt > 2:435958/1‑141 (MQ=255) aaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGAt > 1:47776‑M2/128‑141 (MQ=255) aattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATa > 1:431993‑M2/127‑141 (MQ=255) 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1:173256‑M2/26‑1 (MQ=255) acgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaa < 2:135264‑M2/29‑1 (MQ=255) gttTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaaa > 2:297277/1‑141 (MQ=255) gttTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTctaattgaaaa < 2:17122/141‑11 (MQ=255) cgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGaaa < 1:76286‑M2/30‑1 (MQ=255) ttCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAa‑t > 2:222174/1‑141 (MQ=255) aaTATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGt > 2:295380/1‑114 (MQ=255) aaTATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGt < 1:295380/114‑1 (MQ=255) atggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATc < 2:315903‑M2/35‑1 (MQ=255) atggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATc > 1:315903‑M2/102‑136 (MQ=255) cAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTTATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGTATATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTATTGGTGtt > 2:363948/1‑141 (MQ=38) aaaaCTAGCTTTGAATATTCGTGAATCATTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGtt < 2:331990/140‑1 (MQ=255) cgcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTtctc < 2:313055‑M2/49‑1 (MQ=255) tAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATATTTTCT‑AATT‑GAAAa‑t > 2:173188/1‑115 (MQ=38) tAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata < 1:203466/141‑1 (MQ=255) tAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAa‑t < 1:173188/115‑1 (MQ=38) ggcgcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata > 1:50638‑M2/85‑141 (MQ=255) atTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATa > 2:325047/1‑141 (MQ=255) ttAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCg > 1:412930/1‑141 (MQ=255) 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1:261473/141‑1 (MQ=255) taaataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACAt > 1:131705/1‑141 (MQ=255) aaataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACAtt > 1:330209/1‑141 (MQ=255) aataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTa > 2:268193/1‑141 (MQ=255) aaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCACTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTg < 2:159617/141‑1 (MQ=255) tAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTaaa < 2:115930/141‑1 (MQ=255) 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2:337195/1‑141 (MQ=255) cTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgat < 2:334975/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGaaatatgcttcc > 1:182886/1‑131 (MQ=255) | CCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGA > CP000730/2478115‑2478386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |