Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,398,333 | G→A | Y101Y (TAC→TAT) | msrA1 ← | peptide‑methionine‑(S)‑S‑oxide reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,398,333 | 0 | G | A | 97.4% | 119.9 / ‑4.3 | 39 | Y101Y (TAC→TAT) | msrA1 | peptide‑methionine‑(S)‑S‑oxide reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (18/19); total (18/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
TCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAG > CP000730/1398199‑1398469 | tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 2:332922/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 2:297445/141‑1 (MQ=255) tCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaa < 2:349803/141‑1 (MQ=255) tttGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaaa < 2:411509/140‑1 (MQ=255) cTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaaa > 2:377235/1‑141 (MQ=255) cTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGaaaa < 1:9354/141‑1 (MQ=255) aGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGttt < 1:326863/141‑1 (MQ=255) ttGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGa > 2:54758/1‑141 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTCTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc < 1:367876/141‑1 (MQ=255) gTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATAGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGAcc > 1:231278/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTGACGCTGGTAATATTTTTTTTTTTTTTTTCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTTCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTTAGGACCAc > 2:259284/1‑141 (MQ=255) aTTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGt < 1:51180/141‑1 (MQ=255) tgtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATATGTCTCAGCGAGTTCTTTTTTATGATCAGTAGTATAGAAAATTGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGCCt > 2:51180/1‑141 (MQ=255) gtgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCtt < 2:210637/141‑1 (MQ=255) tgACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTg < 2:148414/141‑1 (MQ=255) aCGCTGGTAATATTTTTTTTTTTTTTTCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTTGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGTTATTGAGGACCACGGTCTTGat > 2:87342/1‑141 (MQ=255) aaTATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGacca < 1:158499/141‑1 (MQ=255) ttttGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGt < 1:430930/141‑1 (MQ=255) ttgttgCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTAt < 2:280792/141‑1 (MQ=255) cATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTgaga < 2:145469/141‑1 (MQ=255) aTTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGCTACTCAGGACCACAGTCCTGATATTCACCACCTGTATCTAACGGGTCAATGACTGAGaa < 2:265337/141‑1 (MQ=255) ttAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCGATGACTGAGaaa > 2:359682/1‑141 (MQ=255) tttttAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCt > 1:295273/1‑141 (MQ=255) tctgctCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTTACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACt > 2:426787/2‑141 (MQ=255) ccacccGAAATAAGTCTTAGTTAGTTTTTTTTGATGATCGTTAGTTTAGCAAATCGCTACTTTCTATCCCTACACGAGGTTTTTATGTTGACCTCCCGTATCTGATGGTTAAATAACAGAAAAAAATATTTCTAATAACtt < 2:221447/136‑1 (MQ=255) gATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCtaat < 1:266435/130‑1 (MQ=255) gATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCtaat > 2:266435/1‑130 (MQ=255) taAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATgag > 2:259934/1‑141 (MQ=255) aGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGaa > 1:13538/1‑141 (MQ=255) tcAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGTACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGaataat > 2:441798/1‑141 (MQ=255) cGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCAc < 2:73529/57‑1 (MQ=255) cGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCAc > 1:73529/1‑57 (MQ=255) gTTCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcat > 2:372447/1‑141 (MQ=255) tCTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcatca > 1:417199/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAAcatcat < 2:63332/141‑1 (MQ=255) tttGATGATCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATAtt < 1:185520/141‑1 (MQ=255) atgatCATTAGTATAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGAACACTTGTATAAAGTGTGTCGATGACGGAGAAATTTATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAAt > 1:310993/1‑141 (MQ=255) atcatcAGTATAGCAAATAGCTGATCGATACTGAGGACCCCGGTCTTGATATTGACCACCTGTAACTAATAGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATACTGCACCACCATCATGAATATc > 2:151190/1‑141 (MQ=255) tAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAAAGAAAGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAg < 2:346571/141‑1 (MQ=255) | TCTTGGTGATAGTCTTCGGCTTTGTAAAATTGTGACGCTGGTAATATTTTTGTTGCAATTGCCTTATCAGCATTAATCGTATTTTTAAGCTGCTCGATATAAGTCTCAGCGAGTTCTTTTTGATGATCATTAGTGTAGAAAATAGCTGTTTGATATTGAGGACCACGGTCTTGATATTGACCACCTGTATCTAATGGGTCAATGACTGAGAAAAATATTTCTAATAACTTATTGTATGAGAATAATGCAACATCATATTGAATTTCAACAG > CP000730/1398199‑1398469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |