Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,471,910 | C→T | E10038E (GAG→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,471,910 | 0 | C | T | 95.0% | 55.7 / ‑3.5 | 20 | E10038E (GAG→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (11/8); total (11/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
CTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGC > CP000730/1471774‑1472044 | cTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTATTGCTTTTCtt > 1:218456/1‑141 (MQ=255) tGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCt < 2:102840/141‑1 (MQ=255) ttGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATg < 1:261387/141‑1 (MQ=255) ttGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATg > 2:247034/1‑141 (MQ=255) tGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGt < 1:335439/141‑1 (MQ=255) tCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATCTGTTGa > 2:302640/1‑141 (MQ=255) aTCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTc > 2:111179/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGCGCCAGTTGAATCACTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTACCTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTGTCTGTTAGATCAGTACGGGCTTTGCATTCATCACTCATATGTTGGATTGCATCTTCAATCg < 2:108929/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCg < 2:145885/141‑1 (MQ=255) ttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAttt > 1:431819/1‑141 (MQ=255) ttGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGAttt > 1:356629/1‑141 (MQ=255) cTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTg > 2:391216/1‑141 (MQ=255) aggattttAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCg < 1:97009/137‑1 (MQ=255) ttCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGt < 1:280834/141‑1 (MQ=255) aCTTAGCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTaa > 1:438229/1‑141 (MQ=255) gCAATAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGt > 2:327489/1‑141 (MQ=255) aTAGCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCa > 2:242437/1‑141 (MQ=255) tAGCTTTTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGGGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATTTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTGGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGAATAAATTGTTCaa < 2:170548/141‑1 (MQ=255) gCTTCTTGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAata > 1:406658/1‑141 (MQ=255) ttGCTTTTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATgcgc < 2:360226/141‑1 (MQ=255) | CTGTTGGATTAGCTGCTTTCATTTGAGCTTTAAATTGTTCCAATTGCTCACTTATTTCATCGATGCTTTGCGCACGTTGAATCGCTTGAATTGCTTGTTCTTTTAATTGATTTAACTTAGCAATAGCTTCTTGCTTCTCTTTATCTGTTAGATCAGTACGAGCTTTGATTTCATCAATCATATGTTGAATTGCATCTTCAATCGATTTAATTGCATTTGATTTTGCTTGTTCAATCGTAAATTGTTCTGGATTAAATTGTTCAATATGCGC > CP000730/1471774‑1472044 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |