Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,486,381 | G→T | Q5215K (CAA→AAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,486,381 | 0 | G | T | 100.0% | 70.0 / NA | 22 | Q5215K (CAA→AAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (10/12); total (10/12) |
TAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGT > CP000730/1486244‑1486516 | tAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTAtt < 2:220137/141‑1 (MQ=255) ttCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCAATGTTTTATTAATGAtt < 2:53648/141‑1 (MQ=255) gttgttTTTTGTTGTTTTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCttt > 2:109795/1‑141 (MQ=255) ttCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCa > 2:109915/1‑141 (MQ=255) cTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGt < 2:149942/141‑1 (MQ=255) tGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTAc < 1:387005/141‑1 (MQ=255) gCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTGAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGGATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCg > 2:66978/1‑141 (MQ=255) aGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTAc > 1:351445/1‑141 (MQ=255) cgcgCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGatta < 1:112429/141‑1 (MQ=255) gTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGa > 1:21653/1‑141 (MQ=255) tGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGAcc < 1:297528/141‑1 (MQ=255) gTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCt < 1:53725/141‑1 (MQ=255) cACTTGTGATGTTACGGGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCGGc > 2:164791/1‑141 (MQ=255) tGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTACCTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCa < 1:241632/141‑1 (MQ=255) tGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCa < 1:424397/141‑1 (MQ=255) gCGTAATAGAATTTGGTTCCATCGGTGGGTTCGATGGTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCAt > 2:84859/1‑141 (MQ=255) tGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTAtc > 1:125087/1‑141 (MQ=255) ggTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTAtct < 2:226076/141‑1 (MQ=255) tCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCtt > 2:16578/1‑141 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAAc > 2:57593/1‑47 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAAc < 1:57593/47‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGt < 2:124160/141‑1 (MQ=255) | TAAGTTATTCAAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGT > CP000730/1486244‑1486516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |