| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 973,213 | C→A | E175* (GAG→TAG) | yitU ← | possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 973,213 | 0 | C | A | 91.7% | 63.4 / ‑0.8 | 24 | E175* (GAG→TAG) | yitU | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (13/9); total (14/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAT > CP000730/973086‑973344 | ccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATGGTCTAACTTGCTCAATGCATCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTTCAATTGCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCActataagctgca < 2:255733/141‑9 (MQ=255) aaTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaa > 1:283289/1‑141 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaaa > 1:287233/1‑141 (MQ=255) aataatATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATg > 2:168949/1‑141 (MQ=255) taataTTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAg > 2:344912/1‑141 (MQ=255) attattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAg < 1:243104/141‑1 (MQ=255) tattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGACCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCa > 1:339777/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTa < 2:24623/141‑1 (MQ=255) aaTTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtt < 1:361770/141‑1 (MQ=255) ttGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtttt < 1:292999/141‑1 (MQ=255) gTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAc > 2:349473/1‑141 (MQ=255) gTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAc > 1:298241/1‑141 (MQ=255) aaTGCCTGTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATAAGAAAGCAAAATCATACTTTCAGGTATTTGACATTCTTCGGCTTc > 1:351985/1‑141 (MQ=255) tGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCTATTAAAAt > 1:60119/1‑141 (MQ=255) gCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAtt > 1:401586/1‑141 (MQ=255) ttattaATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAg > 1:61835/1‑141 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:300950/1‑141 (MQ=255) tACAATTTCAATGAAAGGGATTGGTGCGCCCCGGCGTCGATGCTAAATATGTTCGGAATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTA‑TTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg < 1:184770/141‑1 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 2:232700/1‑141 (MQ=255) cAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGt > 2:117885/1‑141 (MQ=255) ggAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTAc < 2:264532/141‑1 (MQ=255) ggTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGtt < 2:283289/141‑1 (MQ=255) ggTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGtt < 2:108378/141‑1 (MQ=255) gTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAt < 1:14291/141‑1 (MQ=255) | CCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAT > CP000730/973086‑973344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |