| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,105,994 | T→C | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 93.5% | 89.0 / ‑3.4 | 31 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (10/19); total (12/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |