| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,194 | T→C | 7.3% | intergenic (+246/+286) | cbpD → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,194 | 0 | T | C | 7.3% | 228.0 / 2.2 | 77 | intergenic (+246/+286) | cbpD/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/21); new base C (2/4); total (52/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTA > CP000730/2680056‑2680329 | tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAAtttttt < 1:736994/141‑1 (MQ=255)tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAAtttttt < 1:229109/141‑1 (MQ=255)tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAAtttttt < 1:316065/141‑1 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATttgttggt > 2:398769/1‑139 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTgtt > 2:697087/1‑139 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTCTTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATATA‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑tt > 1:448644/1‑141 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑tt < 2:201922/141‑1 (MQ=255) tatTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑tttt < 1:702823/141‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCa < 1:899546/141‑1 (MQ=255) ttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGt > 1:285742/1‑141 (MQ=255) cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTct > 1:170578/1‑140 (MQ=255) aatcaatttaccATCTTCGGCATCGTCTAAATTTAAAATTTTATGCTTTTTTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACTAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTG‑CTTT‑TTTTCGTCGTC‑Atc < 1:582392/130‑2 (MQ=255) aaCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTat > 2:310203/1‑140 (MQ=255) tattatTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTa > 1:768889/1‑141 (MQ=255) ttattTCCTCTTTAGCATAATCTATATAGAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTaaa < 2:204431/141‑1 (MQ=255) ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGATATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTATAAATATC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTAAT‑GTCTATTAGTTaaa > 2:398621/1‑141 (MQ=255) aattaccATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGAT‑TT‑TTTTCGTCGTC‑ATCAGTTa < 2:137134/135‑1 (MQ=255) accatcttcggCATAGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGTT‑TT‑TTTTCGTCGTC‑ATCAGTTaaaaa > 1:476859/11‑141 (MQ=255) accATCTTCAGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTG‑A‑TTTTTTTCGTCGTC‑ATCAGTTaaaaa < 2:469359/139‑1 (MQ=255) 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cATAATCTAGACATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATTAtttctctc < 2:690123/141‑6 (MQ=255) aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa < 1:228433/141‑1 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg < 1:524242/141‑1 (MQ=255) tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg < 1:829526/141‑1 (MQ=255) tCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt < 1:126145/141‑1 (MQ=255) atataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTgcg > 1:699235/1‑139 (MQ=255) taAAATTTTATCCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAcc < 2:581240/141‑1 (MQ=255) aTTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGtt < 1:909429/141‑1 (MQ=255) tttATGCTATTATTTAAATACTACGCCATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa > 1:671084/1‑141 (MQ=255) tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa > 2:898789/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 1:39482/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 1:413396/1‑141 (MQ=255) tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATATTTTTTTG‑G‑TG‑TTTTCATCGTT‑TTTAGTTGAAAAAGTATTTTAACTGGGTTTTGGTGACTTGTTTAAAtt > 1:1281/1‑141 (MQ=255) tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAtt > 1:46528/1‑141 (MQ=255) gCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAttt > 1:367672/1‑140 (MQ=255) cTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtga > 1:892104/1‑141 (MQ=255) ttttAAATAATCCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt < 1:314435/140‑1 (MQ=255) aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATACTTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGATACCTAGTTAAATTAGTGACTCatca > 1:828562/1‑138 (MQ=255) aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTTCGACCTTTTTTACTTTCTGGCTCaaaa > 2:814026/1‑141 (MQ=255) aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCaaca > 2:24415/1‑139 (MQ=255) 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aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATGTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAACTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCt > 1:559321/1‑141 (MQ=255) gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc < 1:169337/141‑1 (MQ=255) gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc > 1:61916/1‑141 (MQ=255) tataACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGACCTGTTTAATTTGATGACTCATAACCTTTATccc > 1:245984/1‑141 (MQ=255) ataACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTT‑T‑TG‑TTTTTTTCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGGTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCCAAACATTTATcccc > 2:652665/1‑141 (MQ=255) 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taatTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGt > 1:521401/1‑141 (MQ=255) aatTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTa > 1:796192/1‑141 (MQ=255) | TGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TG‑TTTTCATCGTC‑ATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTA > CP000730/2680056‑2680329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |