| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 478,502 | C→A | 100% | D342E (GAC→GAA) | ndhF → | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 100.0% | 301.3 / NA | 97 | D342E (GAC→GAA) | ndhF | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (50/47); total (50/47) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATC > CP000730/478367‑478638 | tCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTa > 2:608383/1‑141 (MQ=255) tgtgCATGGGGTGGATCTTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCAGGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCTAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGc < 2:291428/141‑1 (MQ=255) gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAAAAGCTAATGACTgg > 1:97254/1‑141 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAGGAAGCTTATGGTTggt > 1:629644/1‑140 (MQ=255) cATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGa > 1:888591/1‑141 (MQ=255) ttGGGTGTATATTCAGCAGGGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCGACATTAATTTTACAATGAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAATCATCAGCGAAAGCAGCTTAGAGCTggtgt > 1:137829/1‑138 (MQ=255) ttGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGGTTCTATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGAtt > 1:518730/1‑141 (MQ=255) ttGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGAtt > 2:87472/1‑141 (MQ=255) gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAGGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCGGGGTTATCa > 1:371664/1‑141 (MQ=255) gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:871537/141‑1 (MQ=255) gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:107463/141‑1 (MQ=255) gtgtATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCa < 1:264037/141‑1 (MQ=255) tataTTCGGCAGCGATTATTTATGTGATAGTTCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATgg < 2:916952/141‑1 (MQ=255) tatTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGa > 2:464740/1‑141 (MQ=255) tatTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGa > 2:76969/1‑141 (MQ=255) ttCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACg < 2:250712/141‑1 (MQ=255) cagcagCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTCCAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCCAAAGCTCATAACAATCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtg > 1:171494/1‑141 (MQ=255) agcagtGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACgtgt < 2:374883/141‑1 (MQ=255) gcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTa < 2:554254/141‑1 (MQ=255) gcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTa < 2:692625/141‑1 (MQ=255) gcagcGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTa < 2:667845/141‑1 (MQ=255) 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ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTa > 1:807208/1‑141 (MQ=255) tatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATg < 2:719216/141‑1 (MQ=255) atTCCAAAACAAGTATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATgg < 2:344314/141‑1 (MQ=255) ttCCAAATCAAGCATCTGCGTAAGAAGCTTATGGCTGTATTGTCATAGTACGTGTACTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGACGTGCATATTAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGt < 2:371664/141‑1 (MQ=255) tgcctgaaCAAGCAGCTGCTAAAGAAGCTTATAGCTGGATTGTAGTGGGACGTGTATGAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTCGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTGAACGGCACTCATGGTAGGTTGGt > 2:199083/7‑141 (MQ=255) tCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCGTTCTAGGGTGGTc > 2:740936/1‑141 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1:30604/1‑141 (MQ=255) aCAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt > 1:609418/1‑141 (MQ=255) caGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 2:447593/140‑1 (MQ=255) aGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATCGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGACGTGTTAAGTGCACTCATTCTATGATGGTCATTACTTGt < 1:505662/141‑1 (MQ=255) aGCATCTGCTAAACAAGCTTATGGCTGGAGTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTATCGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGt < 2:715872/141‑1 (MQ=255) gCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGtt > 1:647348/1‑140 (MQ=255) gCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTa > 1:153685/1‑141 (MQ=255) cATCTGCTAAAGAAGCTTAGGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGGGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTAt < 1:464740/141‑1 (MQ=255) aTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGCTGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTATTTGTATc > 2:890406/1‑141 (MQ=255) tccgCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt < 1:441120/138‑1 (MQ=255) tCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACATAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt < 2:72706/141‑1 (MQ=255) cTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCtt > 1:792504/1‑141 (MQ=255) cTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCtt > 1:875860/1‑141 (MQ=255) gtAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGa < 1:843800/140‑1 (MQ=255) aagaagCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATc > 2:178126/1‑141 (MQ=255) | TCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATC > CP000730/478367‑478638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |