| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 51.6% | intergenic (+107/+1) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 51.6% | 79.0 / 230.0 | 168 | intergenic (+107/+1) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/49); new base T (36/50); total (68/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 | aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGGCGAAAAGGAGGTCCTGCCCCGAAATTAAAAGAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAATGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTACCCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 1:206360/141‑1 (MQ=12)aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 1:22530/141‑1 (MQ=255)aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc > 2:77941/1‑141 (MQ=255)aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 1:749364/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=17) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 1:727812/141‑1 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 2:456949/1‑141 (MQ=32) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAATGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAtc > 2:741461/1‑140 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCAGGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTCTGCGGGATTGATACTTGGAtc > 2:5124/1‑140 (MQ=11) gCTTACCTTGCTAGCTTGATGCTAGTTTCGTGGCATGTCG‑AAATTCCGTAGTTCTGAAGAGACCTGCTGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 1:569819/141‑1 (MQ=11) gCTTAATTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATTGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCGTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 1:377566/141‑1 (MQ=12) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:810201/141‑1 (MQ=32) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 1:695946/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAATACACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:896545/141‑1 (MQ=12) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc > 1:412363/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCCAATTTCGTGGCATGGCG‑ATAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:78287/141‑1 (MQ=12) cTTAACTTGCTAACATGATGCTAATTTCGGGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:411867/141‑1 (MQ=12) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCG‑AAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |