| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,002,200 | T→G | 100% | M173R (ATG→AGG) | mecA2 → | competence negative regulator MecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,002,200 | 0 | T | G | 100.0% | 221.5 / NA | 64 | M173R (ATG→AGG) | mecA2 | competence negative regulator MecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (37/27); total (37/27) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTA > CP000730/1002063‑1002337 | aGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt < 2:542957/141‑1 (MQ=255) ggTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGtt < 2:424877/141‑1 (MQ=255) ggTTCTAAACGTCAAAAGACTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGtt < 1:883723/141‑1 (MQ=255) gTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATCGCAACCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTg < 1:480541/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGTTACttatt > 1:415353/1‑141 (MQ=255) aaaaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatt < 2:266084/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatt < 2:148396/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatt > 1:820215/1‑141 (MQ=255) aaaGTCTTCAGCACGTAAAAATCCAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACttatta < 1:549034/141‑1 (MQ=255) aaGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTGCttattat > 2:231361/1‑141 (MQ=255) cAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGCTATATAGGGTTGATGGTAGTTATTATTATGCTg > 2:712064/1‑141 (MQ=255) aaTACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGAt < 1:565874/141‑1 (MQ=255) gAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATg > 2:70185/1‑141 (MQ=255) aaCATTCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCAGAGCAATCCAATAACTTCAGCGTTTCAAGATTTGTTATATTGGGATGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGt > 2:885202/1‑141 (MQ=255) aaCAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTAATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGt > 1:563225/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCa > 1:464292/1‑141 (MQ=255) ttGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCaag < 2:885154/141‑1 (MQ=255) gtgAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCaagaa < 1:481631/141‑1 (MQ=255) taaaTTTAATGATTTTGAAGAGGTGATTAATTATGCATATGCTATGAGTCAGATAACTCCATAGTTTGTAGATTTTTTATATAGGGTTGAGGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTCGTTAGTCATGTTGATCAAGAGGt < 2:249221/140‑1 (MQ=255) gAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGt < 2:627125/141‑1 (MQ=255) aaTTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCa > 2:703654/1‑141 (MQ=255) aaTTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCa > 2:277027/1‑141 (MQ=255) aTTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGGTAGTCATGTTGTTCAAGAAGTCAt > 1:528017/1‑141 (MQ=255) ttAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTa < 1:139436/141‑1 (MQ=255) tAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTaa < 1:723390/141‑1 (MQ=255) aCGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTTATAGTCATGTTGATCAAGAAATCAtgcatg > 1:704408/1‑136 (MQ=255) 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1:577206/1‑140 (MQ=255) tCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTa > 1:473339/1‑141 (MQ=255) aTAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATc > 2:264670/1‑141 (MQ=255) aTAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATc > 2:456077/1‑141 (MQ=255) gCAACCCCATTACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATATTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCaa < 1:195189/141‑1 (MQ=255) cAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAac < 1:70185/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGacagaa > 1:363952/1‑141 (MQ=255) tAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGacagaa > 1:622915/1‑141 (MQ=255) tAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGacagaa > 1:648560/1‑141 (MQ=255) tAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGacagaa > 1:634929/1‑141 (MQ=255) agagTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTAGGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGt < 1:168317/141‑1 (MQ=255) tGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGtttattt < 1:743369/141‑1 (MQ=255) tGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACt < 1:277027/141‑1 (MQ=255) tGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACt < 1:703654/141‑1 (MQ=255) tatataGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATg > 1:52137/1‑141 (MQ=255) atatagGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCGATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGc < 1:119416/141‑1 (MQ=255) atatagGGTTGATGGTACTTATTATTAAGCTGTATACATAGAACCACATGTTGAGCAAGAAGTC‑TTTAGGATGTGAGACAGTCCCTTATTTAATTGTTCTTTTCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGc < 1:666690/141‑1 (MQ=255) atagGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTa > 1:223875/1‑141 (MQ=255) atagGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTa < 1:555956/141‑1 (MQ=255) | AGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGAT‑AGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTA > CP000730/1002063‑1002337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |