Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 1,539,250 C→G 100% intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_1405 chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,539,2500CG100.0% 214.2 / ‑6.5 64intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_1405chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (32/31);  minor base T (0/1);  total (32/32)
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTT  >  CP000730/1539118‑1539383
                                                                                                                                    |                                                                                                                                     
catcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                               <  2:467409/141‑1 (MQ=255)
  acatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATAACAAAGAACGAACTTTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                             <  2:597668/140‑1 (MQ=255)
             ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                                  <  1:164509/141‑1 (MQ=255)
              taattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATGGCAACTTTAGCAAATAATATAATGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAACTTATGATAtt                                                                                                                 >  1:377615/1‑141 (MQ=255)
              taattaaAAATGATTAGCCGTTATAGTAAAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                                 <  2:871713/141‑1 (MQ=255)
               aattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTa                                                                                                                >  1:75314/1‑141 (MQ=255)
                  taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTAGTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                             <  2:375162/141‑1 (MQ=255)
                   aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat                                                                                                            <  1:375466/141‑1 (MQ=255)
                           ttAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTCAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                                                                    >  2:790294/1‑141 (MQ=255)
                           ttAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAACtatatctat                                                                                                    >  2:786085/1‑136 (MQ=255)
                           ttAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                                                                    >  2:815421/1‑141 (MQ=255)
                            atcccGTTTTATAATAATCGTACCGAAACTTAAGCAAATATATACTGACTATATTTCTTAATACAAAATAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGGGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                  <  2:91149/138‑1 (MQ=255)
                             aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                  >  1:129162/1‑141 (MQ=255)
                             aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                  <  2:908854/141‑1 (MQ=255)
                                       atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATCCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCttt                                                                                        >  2:37403/1‑141 (MQ=255)
                                         ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                      <  1:398217/141‑1 (MQ=255)
                                         ataATCCTATCGAAACCTTAGCAAAGAAGATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                      <  2:636464/141‑1 (MQ=255)
                                              cGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                                 >  1:789716/1‑141 (MQ=255)
                                                  tCGTAACTGTAGCAAATAATATGCTTGCTTTATTTCTTAATACAAAATAACTAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTTTTATACttt                                                                             <  2:636003/141‑1 (MQ=255)
                                                  tCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGGGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATAGACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACttt                                                                             <  2:28877/141‑1 (MQ=255)
                                                   cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                            <  1:51108/141‑1 (MQ=255)
                                                    gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                           >  1:882994/1‑141 (MQ=255)
                                                       attttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                                        <  1:402586/139‑1 (MQ=255)
                                                        cTTTAGCAAAAAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTc                                                                       <  1:561260/141‑1 (MQ=255)
                                                              cAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAat                                                                 >  2:653086/1‑141 (MQ=255)
                                                                 ataataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAAtata                                                              <  1:41139/141‑1 (MQ=255)
                                                                  taataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                             <  2:129162/141‑1 (MQ=255)
                                                                    atatACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                           >  2:109040/1‑141 (MQ=255)
                                                                     tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa                                                          <  1:160793/141‑1 (MQ=255)
                                                                     tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGGTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa                                                          >  1:903253/1‑141 (MQ=255)
                                                                       taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAAGTGTTAATTATTAATAAAGTGAGTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATACGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                        <  2:499019/141‑1 (MQ=255)
                                                                       taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAGTAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                        >  1:176969/1‑141 (MQ=255)
                                                                       taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                        >  1:810928/1‑141 (MQ=255)
                                                                       taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                        >  1:810337/1‑141 (MQ=255)
                                                                       taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAAATATATTGGGTACGTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                        >  1:471413/1‑141 (MQ=255)
                                                                        aCTTACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAtt                                                       <  2:39297/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tgtcTACATTACATAAAAAAAAAGAACTAACTATTAATTATTAATAAAGTAAATAAGTGCGAATAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAATAAAAAAAAAAAAATATAATCAATTCt                                                     <  2:515037/138‑1 (MQ=255)
                                                                           gACTACATTTCTTAATACACAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATAGACATATGTTAAGCGCTTATGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt                                                    >  1:508847/1‑141 (MQ=255)
                                                                           gACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt                                                    >  1:743290/1‑141 (MQ=255)
                                                                            aCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAGTATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt                                                   <  1:548123/141‑1 (MQ=255)
                                                                            aCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt                                                   <  2:393942/141‑1 (MQ=255)
                                                                               aCATTTGTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAGTTATGATGTTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAACAATCTAATCAATTCTTTTAc                                                >  2:244363/1‑141 (MQ=255)
                                                                               aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc                                                >  1:720074/1‑141 (MQ=255)
                                                                               aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc                                                >  1:719798/1‑141 (MQ=255)
                                                                               aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc                                                >  1:145765/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                         <  2:789716/141‑1 (MQ=255)
                                                                                            cAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaa                                   <  1:415778/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  agagaagTGGTAATTACGAATAAAGTTAATCAGCTCGTTTCAAAAATCTAGGATATTTAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATCCTTTGACTTCAAACATACAATCAATTCTTTTATTAGTGCATAAAAAAtatat                             <  2:623256/138‑2 (MQ=255)
                                                                                                    cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt                           >  2:308775/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt                           >  2:72466/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATga                         >  2:567185/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAAga                         >  2:700331/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag                        <  1:855201/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        attttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgaga                       <  2:903253/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ttttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGagag                      <  1:422690/139‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAg                  <  1:45535/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa             >  1:589303/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa             >  2:756944/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aataaAGTTATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATAAACATATATCAGGCACTTTAGATATACAATGACTACAAAAATATAATCAAGACTTTTAGTAAGACATAAAAAATATAAATGAAAGTCAGTATaaaaa          >  2:177477/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTGGTGGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGTGTCAGTATAAAaat         <  1:475692/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aaaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaat         <  2:4783/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAATCAGTATAAAAATAAtt     >  2:429138/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttt    >  2:273382/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aaTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttttt  >  1:748465/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                     
CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTT  >  CP000730/1539118‑1539383

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: