| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 98 (1.030) | 73 (1.070) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
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| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAAA > CP000730/1998141‑1998426 | tgtgtcatgTCAGATGCTCTACGAATTGAGCTAGGCCGGCAATATATAAGAAGAATTGGTCGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa < 1:43490/133‑1 (MQ=11)gATCACCAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGCCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCAGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa < 1:328318/141‑1 (MQ=255) ttACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACCGCAGACCCTCTGCTTGGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCCAATTCTCCGATGTAAACCt > 1:648273/1‑141 (MQ=11) aCAAGTCAGTTGCTCTCCCAATCGAGCTAGGCCGGCAATAACTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCATATGCTTTTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:779916/149‑1 (MQ=14) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCCGCTTGTAAGGCAGCTGCTCCACCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGccgg < 1:698734/141‑3 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 2:822977/1‑149 (MQ=255) tCAGTTGCCCTACCAACTGACCCAGGCAGGCAATCTGCAAGAATAAATGGTGGACAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTTTGCTTGTAAGGCACATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt < 2:28501/149‑1 (MQ=17) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTa < 2:226324/149‑1 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCaa < 1:88934/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCAc > 1:115795/1‑141 (MQ=255) tGCTCTACCAATTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGATGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGCATTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:14056/1‑141 (MQ=255) tGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:65905/1‑141 (MQ=255) ctttACCAATTGAGCTTGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAg < 2:355261/146‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 2:778526/149‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAA‑ATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct < 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cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGAAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 1:1170909/1‑141 (MQ=255) cGGCAATATGTAAGAATCGATGGTGGAGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGAACGAAAGGCTACAAGTCAGCTCACCCGTCGCCTTGGCTAATTCTCCGAAATAAAGCAGCCTGGCGACGGGCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc > 2:685218/1‑149 (MQ=255) acatGTAAAAATAAATGGTAGAGAATGACGGGTCCGAGCCGCCGTCCCTCTGCTTCTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGGTCGAc < 1:1038411/139‑1 (MQ=17) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:30527/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCGGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:980166/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAACATATTGGGGGCAACGACGGTTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATTCTCTCCCAGCTGGGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 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tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGCTTCAAATCAGCCGTGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:879058/1‑149 (MQ=14) tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:701487/1‑149 (MQ=255) tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTACCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAACATCGCCGCt > 2:48818/1‑149 (MQ=255) tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGCCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt < 2:508879/149‑1 (MQ=255) aGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa < 2:465258/149‑1 (MQ=255) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 1:1087110/141‑1 (MQ=255) tAAATGGTGGAGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCCCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:10235/141‑1 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 1:689197/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTATAAGGCAGATCCCTTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACATCCTGGCAACGTTCTCCGCAAGGGAAACGAAAGTTCAACTCACATCGACGc > 1:211322/1‑141 (MQ=14) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt > 2:745932/1‑149 (MQ=255) tggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa > 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1:87390/1‑141 (MQ=255) gCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtat > 1:844801/1‑141 (MQ=255) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCCCCGATTCAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 2:4638/149‑1 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGAAACGTTCTACTCTCGCGGAATGTAAGTCAAACTACCATAGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGCGGGCGGCAGGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCGATAg > 1:693930/1‑141 (MQ=14) ccctccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:808543/145‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGCGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACCAGTGTGCCCTCCTTGCTATAGTcc > 1:679328/1‑140 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACTGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAGCAGACat < 2:683073/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 2:265051/149‑1 (MQ=255) cacaccaaGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 1:368162/134‑1 (MQ=255) atccggacgaaTTCTCCGATTAAATACCGCCTGGCAACGTTCTACTCTAAGGGACAGAACGTTCGAAAGCAATCGTCTTTTAAAGTCTTAACTACTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCCATAGTCACCa < 1:191946/132‑1 (MQ=2) aGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGGTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 1:934474/141‑1 (MQ=255) gcggAGCTAATCCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTGCGACGACCATCGTCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa < 2:334640/146‑1 (MQ=14) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 1:796508/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 2:599667/149‑1 (MQ=255) tGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACGTATGAAt < 2:744950/149‑1 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 2:163774/149‑1 (MQ=255) tctgCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAGCAGACATATGAATg < 1:813199/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACGTCCTGCCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACATGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATg < 1:201095/141‑1 (MQ=255) tcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTACGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTCACCTCCTTGCTATACTCACCAGACATATGAATGtc > 1:422414/1‑140 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTTaaaa > 2:278719/1‑149 (MQ=18) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCaaaa > 2:715420/1‑149 (MQ=33) | GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAAA > CP000730/1998141‑1998426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |