New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =25 (0.840)25 (1.220)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
19/180 NT 59.2% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512480‑512760
                                                                                                                                            |                                                                                                                                            
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  2:313337‑M1/1‑1 (MQ=255)
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  2:39520‑M1/1‑1 (MQ=255)
 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTGATTTTTACTGTTGTTAAGCGGTTTGAAGGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAGAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTGCTAACGAAGATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:268523/1‑141 (MQ=255)
 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:144637/1‑141 (MQ=255)
 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:68632/1‑141 (MQ=255)
 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTAGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:248723/141‑1 (MQ=255)
 gggCGTTAAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTCGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTAGTTGAGGTAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGATAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:253525/141‑1 (MQ=255)
    tgTTCAGTATAGTTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          <  2:287231/140‑1 (MQ=255)
    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          >  2:250964/1‑141 (MQ=255)
          gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACATTGACTTGAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  1:169082/1‑141 (MQ=255)
            cccatgccgaacacagaagttaagctcctgagcgtcgattgtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  2:160273‑M1/129‑141 (MQ=255)
                tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              <  2:186894‑M1/17‑1 (MQ=255)
                     aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         >  1:77006‑M1/120‑141 (MQ=255)
                        ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                      <  2:172235/141‑1 (MQ=255)
                           gaagttaagctacttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                   >  2:8087‑M1/114‑141 (MQ=255)
                               tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                               >  1:215683/1‑141 (MQ=255)
                                 aagctacctagcgtagacggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgcccggcaggtttttaatcaaattttggataaactataaaatggacaagataaAGAAAGTTATTGACTTAAATGGTGAGAAAATGta                                                                                                             <  2:115188‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                        ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                      >  1:62915/1‑141 (MQ=255)
                                          gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                    <  1:32220/141‑1 (MQ=255)
                                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaccgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  <  1:131149‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  <  1:131128‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                                 aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                             >  2:289278/1‑141 (MQ=255)
                                                   ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  1:37706‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                   ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  2:280698‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                    gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttcaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCCGTa                                                                                          <  2:240242‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                         cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatgggcaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaaaaaa                                                                                     <  2:302521‑M1/58‑1 (MQ=255)
                                                           aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                   <  1:261347‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                                    tccggtagattagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttgtgtagagaataaaactgaaatgataaCAATAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                          >  2:96953‑M1/73‑141 (MQ=255)
                                                                    tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                          >  1:40892‑M1/73‑141 (MQ=255)
                                                                        ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                      >  2:325535‑M1/69‑141 (MQ=255)
                                                                           gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   <  1:28607‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                           gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   <  2:243749‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                             gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                 >  1:125433/1‑141 (MQ=255)
                                                                              ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                >  2:102394/1‑141 (MQ=255)
                                                                               tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                               >  1:220743/1‑141 (MQ=255)
                                                                               agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAata                                                               <  1:174528‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                                gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  1:331548‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                                gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              >  1:283853/1‑141 (MQ=255)
                                                                                gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGa                                                              >  2:280898/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACCTGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTc                                                     <  1:285687‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     <  2:37124‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     <  1:61660‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                           ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                   >  1:220535‑M1/50‑141 (MQ=255)
                                                                                             cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAaca                                                 <  1:145377‑M1/94‑2 (MQ=255)
                                                                                             cagtttttaaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAATTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                 >  2:107182‑M1/48‑141 (MQ=255)
                                                                                              aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                <  2:62915/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                               >  1:321405‑M1/46‑141 (MQ=255)
                                                                                               actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                               >  1:77739/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            >  2:131128‑M1/43‑141 (MQ=255)
                                                                                                  ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAtgccaacttaaaa                                            >  2:131149‑M1/43‑135 (MQ=255)
                                                                                                  caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAAt                                            >  2:242337/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGttaact                                           >  2:291200‑M1/42‑139 (MQ=255)
                                                                                                   aactTAAGAAATACCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:258311/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                   aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:352849/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                      aattatattgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                        >  1:115188‑M1/39‑141 (MQ=255)
                                                                                                        aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCaaa                                      >  2:84644/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         caaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     >  2:86336‑M1/36‑141 (MQ=255)
                                                                                                          gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    >  2:269370/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          gAAATAACTTGAAATACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    <  1:250964/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             >  2:167874‑M1/28‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             >  2:231111‑M1/28‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            <  1:288468‑M1/115‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         <  1:68632/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         <  1:144637/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:352644/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:299148/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATACGTTACaa                 >  2:52239/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  1:39520‑M1/10‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      aattTTAAAAAATTATTGCATACCATTTAAAGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt        <  2:177132/141‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                       attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAATATAAGTTACACACgttattaa       >  1:287617/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                                          aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa    >  2:246135‑M1/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt  <  1:186894/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                            
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.