| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,850 | C→T | 46.8% | intergenic (+81/+27) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 46.8% | 30.7 / 66.3 | 59 | intergenic (+81/+27) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/13); new base T (15/12); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
TCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTA > CP000730/35711‑35963 | tcATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAAcc < 1:104874/141‑1 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAc > 2:133359/1‑141 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAc < 1:241880/141‑1 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAt > 2:309625/1‑141 (MQ=255) aaTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACAACTAATTTATCATGTCa > 1:123909/1‑141 (MQ=255) aaGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCg > 2:29741/1‑141 (MQ=255) aaGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCg < 1:142358/141‑1 (MQ=255) aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑c > 2:175547/1‑141 (MQ=255) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAGAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAATATGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTTG‑Ct > 2:177437/1‑141 (MQ=255) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGAGAAAAATGATTACTTGAACTAGAGCTAAAATTAAATTGTGATTTAATAAAACTAGAAGGTTATGTTGCATAGTAATAGAATATAGCTAAGCACTAATTTATCATGTCGGTGTTCgat > 2:268054/1‑139 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑Ctt > 2:275276/1‑141 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑Ctt < 1:289245/141‑1 (MQ=255) atgcAGTAGAAAGTTTTTGGCGACAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATCGGGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATCTAGCTACCCAATAATTGAACAGGGCAGCATACG‑CTTaa > 2:193245/4‑141 (MQ=25) aaaGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGc > 1:121688/1‑141 (MQ=255) ggCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTACAATAAAATTGTGATATCATCAAAATCGACGATACTGTCGCAAAGTAAAAAAATATAGTTAACCACTAATTAATCAGGTCACGGTTCG‑CTTAACTGGCTAGCATGATGATa > 2:262252/1‑141 (MQ=18) aaaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCg > 2:118006/1‑141 (MQ=255) cttACTTGAACACGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTACTAAAAATAGAAGGCTGTGTGGCGAGGTCAACACATATACATAGCCAATAATTTATAAGGTTAGTGTTCG‑CTTAACTTCGTTGCATGACGCTAATTTctgggcc > 2:154662/2‑135 (MQ=255) ttGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCg < 2:276320/141‑1 (MQ=255) gagCTAAAATAAACATGTGATCTAATAAAAAAAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAAGATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAAATTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCg > 2:12374/1‑141 (MQ=17) cTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAg > 2:356805/1‑141 (MQ=255) taaaataaaaTTGTGATCCAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAATAAAAAAATATAGCTAGCCACTAATTTATCATGTCAGTGTTAG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGa > 1:158792/1‑141 (MQ=255) aaaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGTGCTACCATG‑TACCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAt > 1:116326/1‑141 (MQ=17) aaaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAt < 2:121688/141‑1 (MQ=255) aaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGTCGAAAATCCACACATCTGAaga > 2:142730/13‑141 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga < 1:289486/131‑1 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga > 1:43498/11‑141 (MQ=11) agattattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAATCTATCGATACTATTTTATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:343690/132‑1 (MQ=2) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagaggc > 1:97609/10‑139 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc > 1:68271/10‑141 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:156940/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:191624/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTACTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc > 2:195761/10‑141 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:346702/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:336269/133‑1 (MQ=11) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:246851/141‑1 (MQ=255) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:29741/141‑1 (MQ=255) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAAAATTGTTTCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:352139/141‑1 (MQ=14) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:42724/134‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGCCGAAAAGCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:164678/134‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:83195/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg > 1:166320/7‑141 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATGACTAATATATAATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCCTGGCGAAGAGCCGTAGATCTGAAGTGACATgg > 2:271487/6‑140 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:295848/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg > 1:254896/5‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:184893/4‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 1:140873/138‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGACCTGAAGAGACCTGCgg > 1:86939/4‑141 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt > 1:229285/3‑141 (MQ=11) tCTAATAAAAATAGAAGGTTTTGTTGAAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:1698/141‑1 (MQ=255) tCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:106863/141‑1 (MQ=255) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCGCTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 2:269101/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCTTGTTAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGTAAATTCGTAGGTTTGATGAGACCTGCgggt > 2:296495/2‑139 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTGGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 2:144807/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTACAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 2:319691/2‑141 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 2:295532/141‑1 (MQ=11) ttaaaGTTTCTGATGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:134037/138‑1 (MQ=0) tAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat > 2:152680/1‑141 (MQ=32) gctgggtCTGTTGCAAAGGAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATATCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 2:263720/7‑141 (MQ=0) aaaGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtttata < 2:217198/140‑1 (MQ=2) tgttaaaaaGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAGCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTa < 2:114869/135‑1 (MQ=0) | TCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTA > CP000730/35711‑35963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |