BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	2,337,959	C→T	intergenic (‑125/‑119)	adhR ← / → USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
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*	CP000730	2,337,959	0	C	T	100.0%	569.1 / NA	173	intergenic (‑125/‑119)	adhR/USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (112/61); total (112/61)

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cGACAATCCTTTAAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTGATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTATATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATGTCATCGTTTTTAAtt                                                                                                                         >  1:971188/1‑141 (MQ=255)

 gACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAtttt                                                                                                                        >  1:305866/1‑140 (MQ=255)

   cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTGCGTTTGCATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACAGTTTATATTTCATCGGTTTTAATTACt                                                                                                                      >  1:840519/1‑141 (MQ=255)

     aTCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACttt                                                                                                                    >  1:791992/1‑141 (MQ=255)

     aTCCTTTAAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACttt                                                                                                                    >  1:863118/1‑141 (MQ=255)

      tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCTTTTTTAATTACTTTa                                                                                                                   >  1:439082/1‑141 (MQ=255)

        cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTCCTTTcaa                                                                                                                 >  1:129620/1‑141 (MQ=255)

        cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa                                                                                                                 >  1:691907/1‑141 (MQ=255)

        cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa                                                                                                                 >  1:410818/1‑141 (MQ=255)

                    tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACt                                                                                                     >  1:289940/1‑141 (MQ=255)

                     ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTGTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt                                                                                                    >  1:788162/1‑141 (MQ=255)

                     ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAttt                                                                                                    >  1:1161220/1‑141 (MQ=255)

                     ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt                                                                                                    >  1:810114/1‑141 (MQ=255)

                     ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt                                                                                                    >  1:471220/1‑141 (MQ=255)

                      tGGTCGTCTAAAGTCATGTTGCTTTATATGTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  1:732617/1‑141 (MQ=255)

                      tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  1:397908/1‑141 (MQ=255)

                      tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  1:285803/1‑141 (MQ=255)

                      tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  1:552529/1‑141 (MQ=255)

                       ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATTTTTGATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAGTTaa                                                                                                  >  1:590283/1‑141 (MQ=255)

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                       ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaa                                                                                                  >  1:1100992/1‑141 (MQ=255)

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                                aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                         >  1:900007/1‑141 (MQ=255)

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                                             ttttatatTGTCTTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc                                                                            <  1:1200817/138‑1 (MQ=255)

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                                                   atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                      >  1:1277637/1‑141 (MQ=255)

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                                                   atTGTCATCTTCGTTTGAATACTAATTTTTATATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAGAt                                                                      >  1:1013166/1‑141 (MQ=255)

                                                    ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                     <  1:1304363/141‑1 (MQ=255)

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                                                            ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGGTAatat                                                             >  1:472514/1‑141 (MQ=255)

                                                            ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                             >  1:565941/1‑141 (MQ=255)

                                                            ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                             >  1:1089910/1‑141 (MQ=255)

                                                              cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTTATTACTTTAAATATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATATTAttt                                                           >  1:554117/1‑141 (MQ=255)

                                                               gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACCTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTCAAAATCGTATAACTTAAATATTTAAAATGCTATAATCCCTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:615398/1‑141 (MQ=255)

                                                               gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:1067631/1‑141 (MQ=255)

                                                                             tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt                                            >  1:1326353/1‑141 (MQ=255)

                                                                              attttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatta                                           <  1:1372653/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                       cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg                                  <  1:642135/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                 <  1:250098/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                  aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       >  1:32866/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       <  1:1180297/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       >  1:1182484/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       >  1:143769/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTCACTTTTTAGAGGGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:1354545/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:1045591/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:1160022/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:499320/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:43247/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   cATTTTATATTTCAACGTTTCTAAATACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:9887/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    aTTTTATCTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  1:461366/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  1:1216969/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  1:860076/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACGTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  1:246495/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt    <  1:209555/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt    <  1:79694/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt    <  1:669563/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt    >  1:1243001/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt    <  1:345110/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTg   <  1:681293/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                       ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATGCTTGGCGTAATGTAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCTGAAAATTTGGGTGa  <  1:717041/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                       ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:158332/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                       ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:1149012/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                       ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:623980/141‑1 (MQ=255)

CGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  CP000730/2337837‑2338096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`