| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,105,994 | T→C | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 98.4% | 215.7 / NA | 64 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (34/29); total (35/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTC > CP000730/1105862‑1106122 | ccACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 1:479114/141‑1 (MQ=255) cAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCa < 1:541577/141‑1 (MQ=255) aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtg > 1:625098/1‑141 (MQ=255) tGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtgg < 1:1026108/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 1:621828/1‑141 (MQ=255) gCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 1:348627/1‑141 (MQ=255) aaaaTGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcag < 1:1241784/141‑1 (MQ=255) cAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AAttg > 1:1035866/1‑140 (MQ=255) cAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTGTCCAAGTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTc > 1:1002120/1‑141 (MQ=255) cAATGAATCACATTAAACGTTTACTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTc > 1:1033462/1‑141 (MQ=255) aTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGt > 1:1140357/1‑141 (MQ=255) aTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAg < 1:821091/141‑1 (MQ=255) cacaTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGCAGTCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCt > 1:33387/1‑141 (MQ=255) cacaTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCt > 1:898391/1‑141 (MQ=255) cacaTTAAACGTTTATGAAGTAATCCAGAATTATTATTGATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGAGACCATAGTAATCGGAGCTGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCt > 1:767120/1‑141 (MQ=255) 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1:1335375/141‑1 (MQ=255) taAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAg < 1:565089/141‑1 (MQ=255) taatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAAc < 1:69256/141‑1 (MQ=255) taatCCAGAATCATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGCTACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAAc < 1:321446/141‑1 (MQ=255) tcAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGTAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATc < 1:507962/140‑1 (MQ=255) gAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCCGC‑AATTCGTGCAGCTCACCTAGGGCAAGAAGTAACAATCGtt > 1:123282/1‑141 (MQ=255) 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1:287260/1‑141 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCATC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCCTggtggt < 1:866145/141‑1 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCTTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 1:457156/141‑1 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 1:53693/141‑1 (MQ=255) tAAAACATGGGAGTTGGAGATGTCCCAATTGAAACAGATACCATAGCATACGGAGCAGGTCCTGGAGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 1:1214836/141‑1 (MQ=255) aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAACCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGtt < 1:251483/141‑1 (MQ=255) 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1:927037/141‑1 (MQ=255) agaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg > 1:767337/1‑141 (MQ=255) agaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg > 1:554845/1‑141 (MQ=255) agaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAAAAGAAACTGATGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCCTGGTGGTGTTTGCTTCAACGTAgg > 1:1160986/1‑141 (MQ=255) tttCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAGCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATg > 1:1096312/1‑141 (MQ=255) tttCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTGGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATg > 1:1238187/1‑141 (MQ=255) 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1:105632/141‑1 (MQ=255) cAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTc < 1:950503/141‑1 (MQ=255) cAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTc < 1:813028/141‑1 (MQ=255) tGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTc > 1:1307349/1‑141 (MQ=255) tGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTc > 1:821033/1‑141 (MQ=255) | CCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGC‑AATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTC > CP000730/1105862‑1106122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |