| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 740,315 | Δ1 bp | 5.4% | intergenic (+542/+46) | pitA → / ← sle1 | possible PiT family inorganic phosphate transporter/possible LysM domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 740,315 | 0 | C | . | 5.4% | 381.1 / 14.2 | 112 | intergenic (+542/+46) | pitA/sle1 | possible PiT family inorganic phosphate transporter/possible LysM domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/59); new base . (2/4); total (49/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATACAAAATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCATATTGTATGGACCATATGTGTAATTCATTTCAGAAATC > CP000730/740175‑740454 | tttaatttaaTCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATACAAAATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAtc < 1:700030/141‑1 (MQ=255) taatttaatCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATACAAAATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAtctc < 2:107253/141‑1 (MQ=255) tttaatCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATACAAAATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTcaca > 1:1123836/1‑141 (MQ=255) tttaatCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAAATACCATTCATACAACATATAAATATGTATGATAGGGAATTGTGAGATAATTTTTCGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTcaca < 2:1190154/141‑1 (MQ=255) 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TTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATACAAAATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCATATTGTATGGACCATATGTGTAATTCATTTCAGAAATC > CP000730/740175‑740454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |