| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 50,709 | Δ1 bp | 100% | coding (204/1788 nt) | cch ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 50,709 | 0 | A | . | 54.4% | 21.1 / 267.8 | 125 | coding (204/1788 nt) | cch | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/23); new base . (42/26); total (76/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CCCTCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCAAAAATGTCTTTTTTACCATTGTTGTTAGTAATAATCAACTTTTCAACACCAGTAATTGGATCAGAAAATCTTGCATTAACAATAATAGGGCTAGCCATTCTAACCACTTTTTCACTGTCACCATCTTTTTTAGGTG > CP000730/50569‑50845 | cccTCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCa < 1:445075/141‑1 (MQ=255) tCATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaa < 1:188003/141‑1 (MQ=255) cATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaat > 2:236512/1‑140 (MQ=255) cATATAATTCAGAAAGTGGTAATCTATCTCGCATCAATTGCAAGGCATAACTCAATGATCTAATATACTTCTCGTTAATACTGTAGCCATATTTAATTAAAGAAGGTAAGTTTCGTGTTGTTAAGATATCAGACTCaaaat > 2:334715/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |