| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 255,394 | A→T | 5.6% | I179I (ATA→ATT) | glpT → | MFS family major facilitator transporter, hexose phosphate:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 255,394 | 0 | A | T | 5.6% | 346.5 / 7.8 | 107 | I179I (ATA→ATT) | glpT | MFS family major facilitator transporter, hexose phosphate:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/52); new base T (2/4); total (51/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TACTTTGGGGACTTAACGGGGTGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCAAGTTATTCAACGATTTCAAGATGGGCGCCAAGAACGAAACGTGGCCGATACTTAGGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAATTAGG > CP000730/255255‑255534 | tACTTTGGGGGCTTAACGGGGGGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCATGTTATTCAACGATTTCAAGGTGGGCGCCAAGAACGAAACTTGGCCGATACTTAGGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAg < 2:580801/141‑1 (MQ=255)tACTTTGGGGACTTAACGGGGTGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCAAGTTATTCAACGATTTCAAGATGGGCGCCAAGAACGAAACGTGGCCGATACTTAGGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAg > 1:1165200/1‑141 (MQ=255)tACTTTGGGGACTTAACGGGGTGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCAAGTTATTCAACGATTTCAAGATGGGCGCCAAGAACGAAACGTGGCCGATACTTAGGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAg > 2:433125/1‑141 (MQ=255) cTTTGGGGACTTAACGGGGTGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCAAGTTATTCAACGATTTCAAGATGGGCGCCAAGAACGAAACGTGGCCGATCCTTATGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAGCa > 1:909168/1‑141 (MQ=255) 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1:812546/141‑1 (MQ=255) gCCATAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGgaagaa < 1:452412/141‑1 (MQ=255) gCCATAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGgaagaa > 2:1068968/1‑141 (MQ=255) tcATAGCAGGTGGTGTTGCATTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAAt < 2:120070/140‑1 (MQ=255) cATAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAAtt > 2:890748/1‑141 (MQ=255) tAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAATTAg > 2:704767/1‑141 (MQ=255) aGCAGGTGGTGTTGCAGTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGGCATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGTTATCGCAACATTACTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAGTTAgg > 2:417611/1‑141 (MQ=255) | TACTTTGGGGACTTAACGGGGTGTTCCAATCAGTTGGTGGACCTGCAAGTTATTCAACGATTTCAAGATGGGCGCCAAGAACGAAACGTGGCCGATACTTAGGATTCTGGAATACATCACATAATATCGGTGGTGCCATAGCAGGTGGTGTTGCACTTTGGGGTGCTAATGTATTCTTCCATGGAAATGTTATAGGGATGTTCATTTTCCCATCGGTGATTGCAT‑TACTTATTGGTATCGCAACATTATTTATCGGAAAAGATGATCCGGAAGAATTAGG > CP000730/255255‑255534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |