| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 443,935 | 0 | G | T | 5.1% | 437.0 / 4.6 | 127 | intergenic (‑235/+26) | USA300HOU_0417/USA300HOU_0419 | transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/61); new base T (4/3); total (63/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TAAGGAATTTTGATCGTTCATTGTTATTGCTTTATGTTTTAGGGAATGTGCTATTGAAGGGGTTAAAGATGTTTGAAATGTCTTGGTTTCTTGACTTATATAGTTATGAAAGAGGGCGTTGTCCTTTATAGCATTTCTGAGATTAGAAATGCTATAAATAAAGTGATTAAGATTTTTTGTTTTCATGTAATTTAAGAAATGGATTTGTTTTTTGTGGGTTATTTTTAATTCTGTTCTTAAATGGTTTGAATTTTGCGATTGCAAATATGATAGCTGCTTC > CP000730/443795‑444074 | tAAGGAATTTTGATCGTTCATTGTTATTGCTTTATGTTTTAGGGAATGTGCTATTGAAGGGGTTAAAGATGTTTGAAATGTCTTGGTTTCTTGACTTATATAGTTATGAAAGAGGGCGTTGTCCTTTATAGCATTTCTgag > 1:500842/1‑141 (MQ=255) aGGAATTTTGATCGTTCATTGTTATTGCTTTATGTTTTAGGGAATGTGCTATTGAAGGGGTTAAAGATGTTTGAAATGTCTTGGTTTCTTGACTTATATAGTTATGAAAGAGGGCGTTGTCCTTTATAGCATTTCTGAGAt > 1:995522/1‑141 (MQ=255) gAATTTTGATCGTTCATTGTTATTGCTTTATGTTTTAGGGAATGTGCTATTGAAGGGGTTAAAGATGTTTGAAATGTCTTGGTTTCTTGACTTATATAGTTATGAAAGAGGGCGTTGTCCTTTATAGCATTTCTGAGATTa < 1:19254/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGATCGTTCATTGTTATTGCTTTATGTTTTAGGGAATGTGCTATTGAAGGGGTTAAAGATGTTTGAAATGTCTTGGTTTCTTGACTTATATAGTTATGAAAGAGGGCGTTGTCCTTTATAGCATTTCTGAGATTAg > 2:638804/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |