| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 584,121 | 0 | G | T | 100.0% | 321.1 / ‑6.5 | 94 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (40/52); total (41/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258 | aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTg > 2:1168001/1‑141 (MQ=255) tttCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGGTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAg > 2:444990/1‑141 (MQ=255) ccAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaaa < 2:365567/141‑1 (MQ=255) cAAGTTATATTACTTATCGTGATTTTTTTACCTAAGACTGTACGAGTTATTTATAACTTAACATTTATCCTGCCGAGGCTACAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAg < 1:554767/141‑1 (MQ=255) 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ttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTa > 1:869197/1‑141 (MQ=255) tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 2:62502/1‑141 (MQ=255) tCAAGCACTTTTTACTTTCGGTAGAAAATGGTTTATCTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGACTGTCTGCTATCATTGATGCAACAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGANGTACTAt > 2:897966/1‑141 (MQ=255) cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:318447/1‑141 (MQ=255) aaGCACTTTTTTCTTTTGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGTACCAAAAATTTAAATGGTGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGTGTTACTAtta > 2:609099/1‑139 (MQ=255) cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAAGTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 1:1107564/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 2:740746/1‑141 (MQ=255) tttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGGCTGAATGTCTGGTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCa > 2:1003538/1‑141 (MQ=255) ttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAg < 1:1105611/141‑1 (MQ=255) ttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAg < 1:658063/141‑1 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:285176/1‑141 (MQ=255) gCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTc < 2:263223/141‑1 (MQ=255) | AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |