| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 779,970 | G→A | 6.4% | intergenic (+26/+46) | csbB → / ← saeS | possible glycosyltransferase/sensor histidine kinase SaeS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 779,970 | 0 | G | A | 6.4% | 297.0 / 7.1 | 94 | intergenic (+26/+46) | csbB/saeS | possible glycosyltransferase/sensor histidine kinase SaeS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/47); new base A (3/3); total (44/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
ATTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAACAAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTGC > CP000730/779831‑780109 | atTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAACAAAAAAAGAAGCCCTCATTAATggg > 1:823837/1‑141 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAACAAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa < 1:1024273/141‑1 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAACAAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa < 1:1086477/141‑1 (MQ=255) tGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGNCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAACAAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAg > 1:376963/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |