Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,218,732 | C→G | 6.8% | intergenic (+223/+40) | USA300HOU_1145 → / ← fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,218,732 | 0 | C | G | 6.8% | 334.5 / 12.7 | 100 | intergenic (+223/+40) | USA300HOU_1145/fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/47); new base G (4/3); total (50/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGT > CP000730/1218594‑1218871 | ttAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGacta < 2:244075/141‑1 (MQ=255) aGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGactact > 2:484336/1‑141 (MQ=255) cATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActtt < 2:655840/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt > 1:50199/1‑141 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 1:268799/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCctttcttatg < 2:1105425/141‑4 (MQ=38) aGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑Ttg > 1:562023/1‑141 (MQ=255) gTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑Ttgt < 2:612773/141‑1 (MQ=255) ttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACGCCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGa > 1:232117/1‑141 (MQ=255) ttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCctttcttatggtga < 2:435440/141‑8 (MQ=37) cACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAgg > 1:305526/1‑141 (MQ=255) cACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAgg < 1:286596/141‑1 (MQ=255) cACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCctttcttatggtgagg < 2:432847/141‑10 (MQ=37) aCTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGgt > 2:666325/1‑141 (MQ=255) tCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGgtgt < 1:654000/141‑1 (MQ=255) cATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGtt > 1:372283/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGttt < 2:377403/141‑1 (MQ=255) tttttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTa > 2:1044182/1‑141 (MQ=255) tttttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTa < 1:533100/141‑1 (MQ=255) aaaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGt > 1:1130894/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 1:1020816/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 1:730734/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 1:292881/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 2:1155520/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 2:37933/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGATTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTc > 1:897961/1‑141 (MQ=255) aTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGa > 2:431253/1‑141 (MQ=255) aTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGa < 1:500187/141‑1 (MQ=255) aTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGa < 1:384865/141‑1 (MQ=255) aaaGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACt < 1:490556/141‑1 (MQ=255) aaGATAATTTGTTACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCCCTGAACGCATTAGATAATAAATAAACACCTCACCGTCAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGCGAGGTGTTTATTTGTCGTCTACtt < 2:857002/141‑1 (MQ=255) aaGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACtt < 2:857008/141‑1 (MQ=255) aGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTg < 1:327416/141‑1 (MQ=255) aGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTg < 1:1082016/141‑1 (MQ=255) atatTTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGAt < 2:724179/141‑1 (MQ=255) tAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGAtt < 1:1079019/141‑1 (MQ=255) tAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGAtt < 1:887257/141‑1 (MQ=255) aTTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTAt > 2:879110/1‑141 (MQ=255) aTTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTAt > 1:1116169/1‑141 (MQ=255) aTTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTAt > 1:696710/1‑141 (MQ=255) aTTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTAt > 1:279754/1‑141 (MQ=255) ttGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGa < 2:327244/141‑1 (MQ=255) aaCTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGt < 2:180769/141‑1 (MQ=255) aCTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGtt < 2:673144/141‑1 (MQ=255) aCTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGtt < 2:1030553/141‑1 (MQ=255) aCTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGtt < 1:811259/141‑1 (MQ=255) aCTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGtt < 1:433591/141‑1 (MQ=255) cTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGttt < 1:503680/141‑1 (MQ=255) cTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGttt < 1:637865/141‑1 (MQ=255) ttAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TT‑AGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCa < 2:562921/141‑1 (MQ=255) aaaTGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGCTTATGATTGTTTCAt > 1:991682/1‑141 (MQ=255) gatgatACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCAttttt < 1:639074/141‑1 (MQ=255) atACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGaa < 2:1706/141‑1 (MQ=255) ttATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACAATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGt > 2:1133794/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTc < 1:454045/141‑1 (MQ=255) tttAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCa < 1:632315/141‑1 (MQ=255) tttAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCa > 2:1186588/1‑141 (MQ=255) aaaaaCACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATaa < 1:666325/141‑1 (MQ=255) aaaCACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATc > 2:1173816/1‑141 (MQ=255) aaaCACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATCATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATc > 1:96931/1‑141 (MQ=255) acacGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAg > 2:520564/1‑141 (MQ=255) gATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGgtgt > 1:1095291/1‑141 (MQ=255) gATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGgtgt > 1:612700/1‑141 (MQ=255) cTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCa > 1:151285/1‑141 (MQ=255) ttCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCAt < 1:261965/141‑1 (MQ=255) tttCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACaa > 2:134078/1‑141 (MQ=255) tCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAg < 1:757709/141‑1 (MQ=255) cAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGt < 1:1092452/141‑1 (MQ=255) aTGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGttt > 1:707332/1‑141 (MQ=255) tGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGtttt < 1:35147/141‑1 (MQ=255) tGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGtttt > 1:1054230/1‑141 (MQ=255) aaCGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGtttttt < 1:525050/141‑1 (MQ=255) aCGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTg > 1:904328/1‑141 (MQ=255) gCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTCGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGAt > 2:259291/1‑141 (MQ=255) aTTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTTTGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTg > 1:919495/1‑141 (MQ=255) aTTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTg < 1:1137473/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGt < 2:279754/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGt < 2:332813/141‑1 (MQ=255) aaataaaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTa > 1:718223/1‑141 (MQ=255) ataaaCACCTCACCATAAGAAAGGAGTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGAGTGTTTGATTTTTTGAATAAGTGCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACa > 2:806178/1‑141 (MQ=255) ataaaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACa > 1:1026391/1‑141 (MQ=255) atcacCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGATGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTTTGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACACAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAAc < 2:976563/139‑1 (MQ=255) aaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTTATTAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAAc > 2:548738/1‑141 (MQ=255) aaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAAc > 2:260675/1‑141 (MQ=255) cacCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCCTTTCTT‑ATGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTTTTTTTCTTATGTTACAAACCCa > 2:787308/1‑141 (MQ=25) acCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCa > 1:28958/1‑141 (MQ=255) aCCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAGCCCAGGCtt < 1:909396/141‑1 (MQ=255) aCCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCtg < 2:564494/141‑2 (MQ=255) ccATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCttt > 1:910361/1‑141 (MQ=255) caaaaGAAAGTAGTACTTTCTTATGGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTAAAAACTCAGGCttt > 2:857165/4‑141 (MQ=38) cATAAGAAAGGACTTCTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg < 1:858971/141‑1 (MQ=255) cATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATAGCCTTTTTTTACAACTCCAGACtttt > 2:945849/1‑140 (MQ=255) cATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg > 2:1042217/1‑141 (MQ=255) aaaaGAAAGTAGTCCTTTCTTATGGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg > 2:353283/3‑141 (MQ=38) gAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCt < 2:673901/141‑1 (MQ=255) aaaGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTg > 1:1191997/1‑141 (MQ=255) aaGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGa > 2:1042844/1‑141 (MQ=255) gACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGTTTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATgg > 2:1181645/1‑141 (MQ=255) gACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATgg < 1:431253/141‑1 (MQ=255) actactTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTTTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGt > 2:1065734/1‑141 (MQ=255) | TTAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGT > CP000730/1218594‑1218871 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |