| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 1,909,214 | 0 | C | A | 45.4% | 65.0 / 119.9 | 99 | Y7* (TAC→TAA) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/15); new base A (27/18); total (66/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT > CP000730/1909074‑1909354 | ttttttttttatTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAc > 2:880695/10‑141 (MQ=255) tgtgcatcttttttAAAAATCTCTTTAGAAAACTTTGTGTCTACAATTTAATAAAACTATTTTTTTATGATTGTTTATTATACGATATTTAAATGATAATCATCTAGGATTTCTATCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAAttt < 2:988429/133‑1 (MQ=255) tGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAAttt > 1:72930/1‑141 (MQ=255) tGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAAttt > 1:587454/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTTTACTTATCTAGCNTAATGATTATNTTAANCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTTAATTGTACTAATTTTGTCtt > 1:820480/1‑140 (MQ=255) cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtat > 2:557488/1‑141 (MQ=255) | TTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT > CP000730/1909074‑1909354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |