| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 39,653 | C→A | 100% | S494I (AGT→ATT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,653 | 0 | C | A | 100.0% | 536.8 / ‑6.5 | 150 | S494I (AGT→ATT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (72/77); total (73/77) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TTCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACC > CP000730/39517‑39790 | ttCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCCGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTgg < 1:112774/141‑1 (MQ=255)ttCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTgg < 2:571123/141‑1 (MQ=255) tCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATATGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGt > 1:1058518/1‑141 (MQ=255) tAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGtat > 2:995845/1‑141 (MQ=255) aaTGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGtata > 2:130158/1‑141 (MQ=255) tGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCNTTATAAAATGGANAATCAATTGGTATATc < 1:697555/141‑1 (MQ=255) gcgcTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCt > 1:304913/1‑141 (MQ=255) gcgcTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCt > 2:391281/1‑141 (MQ=255) ataGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCAcc > 1:328186/1‑141 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTatat > 2:860570/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |