| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | ygaD ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 403.7 / NA | 113 | C146Y (TGT→TAT) | ygaD | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (58/55); total (58/55) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTG > CP000730/2010225‑2010497 | cTTTCACGTGTCAATTTGCTTAATATTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAACAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATaa < 1:121891/141‑1 (MQ=255) tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 2:1136113/1‑141 (MQ=255) gtgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAcc > 2:852517/1‑141 (MQ=255) tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa > 1:1088820/1‑141 (MQ=255) tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:790316/141‑1 (MQ=255) tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 1:876659/1‑141 (MQ=255) tCAATTATCATAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTTTTATATAATCTAAcc > 2:609687/1‑141 (MQ=255) tCAAGTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 2:1021506/1‑141 (MQ=255) ttttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAATCAAATAtt > 2:658078/1‑141 (MQ=255) tttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |