| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,805 | C→A | 100% | V48F (GTT→TTT) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,805 | 0 | C | A | 96.1% | 339.7 / 5.0 | 102 | V48F (GTT→TTT) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base A (42/56); total (43/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > CP000730/2027672‑2027941 | ccAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 2:1066593/1‑141 (MQ=255)ccAACTGGCTCGTCTTCCATTGTACGCTCAATTTGCGTATTAATCCAATCATACTGCTGATTGAGTTTGTAAGCGAGTACTGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 2:710305/1‑141 (MQ=255) cAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGANGAGATTTAAAAANAAAAAAAATGGTATTc < 1:658368/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCg < 1:839517/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTCGCCATCCAAAAAAAAATCAATTTGCGTCTTAATCCATTCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAAAATACACATTAATATGATGATGATAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCg < 2:469085/141‑1 (MQ=255) cTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGa < 1:201929/141‑1 (MQ=255) gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:245596/1‑141 (MQ=255) gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:598097/1‑141 (MQ=255) tttCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata < 1:941452/141‑1 (MQ=255) tCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAtt > 2:87893/1‑141 (MQ=255) cGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAttt > 2:234797/1‑141 (MQ=255) gCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtg > 2:1103930/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtgt > 2:784964/1‑141 (MQ=255) ttCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTgtgt < 2:1033092/141‑1 (MQ=255) ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGtat < 1:638603/141‑1 (MQ=255) ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGtat > 2:251335/1‑141 (MQ=255) ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGtat < 1:172092/141‑1 (MQ=255) aTTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATCTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATCTTTGTGTATaa > 2:1028185/1‑141 (MQ=255) cGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATa > 1:185521/1‑141 (MQ=255) gttctgtttGGGTCTTAATCCGTTTTTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAGAATACACAATAAGATGATAATGATATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:709013/135‑1 (MQ=255) gCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:1073436/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTg < 1:178939/141‑1 (MQ=255) tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGGTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATATAACATACATTGaa > 2:1029480/1‑141 (MQ=255) tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 2:440861/1‑141 (MQ=255) tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 1:500002/1‑141 (MQ=255) tGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaaaa < 2:1025018/141‑1 (MQ=255) gCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAAt > 2:245140/1‑141 (MQ=255) tCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:60989/141‑1 (MQ=255) tCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:205394/141‑1 (MQ=255) gcTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:601817/140‑1 (MQ=255) cTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAgat < 1:681322/141‑1 (MQ=255) tCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGatat > 1:840850/1‑141 (MQ=255) cAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATAttt < 1:904374/141‑1 (MQ=255) cATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGAGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaa < 2:693776/141‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:500002/141‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGATTGAGTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:469105/141‑1 (MQ=255) tttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaaaa > 2:747426/1‑141 (MQ=255) ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 2:102486/141‑1 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2:472642/1‑141 (MQ=255) tgattgatTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTa < 1:283621/141‑1 (MQ=255) gattgattTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTAt < 2:755383/141‑1 (MQ=255) tttGTAAGCGAGTACCGCACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGaa > 2:273025/1‑141 (MQ=255) tGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACATTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACa > 1:156848/1‑141 (MQ=255) gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCTAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAg > 1:758749/1‑141 (MQ=255) gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata > 1:70380/1‑80 (MQ=255) 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(MQ=255) atgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGaa < 1:800872/141‑1 (MQ=255) gatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:61320/141‑1 (MQ=255) gatgaGATAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:289514/141‑1 (MQ=255) gagaATTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCAAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAAt < 2:1098403/141‑1 (MQ=255) aTTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGt < 2:544104/141‑1 (MQ=255) aTTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATAGt > 2:698047/1‑141 (MQ=255) tttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGtt < 1:87893/141‑1 (MQ=255) ttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTc < 1:289029/141‑1 (MQ=255) ttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTc > 1:1124481/1‑141 (MQ=255) taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt < 2:1111524/141‑1 (MQ=255) taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 1:274244/1‑141 (MQ=255) taaaaataaaaaAAATGGTATCCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 2:630694/1‑141 (MQ=255) aaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTaa > 2:108220/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAg < 2:578695/141‑1 (MQ=255) aaaaATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTgg < 1:808792/141‑1 (MQ=255) | CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > CP000730/2027672‑2027941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |