| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 41,166 | G→A | 5.8% | intergenic (‑33/‑139) | mecA ← / → mecR1 | penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 41,166 | 0 | G | A | 5.8% | 380.8 / 10.3 | 121 | intergenic (‑33/‑139) | mecA/mecR1 | penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/63); new base A (4/3); total (55/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGCATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAA > CP000730/41026‑41305 | tGCATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTgtag < 2:1129333/141‑1 (MQ=255)tGCATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTgtag > 1:47122/1‑141 (MQ=255)tGCATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTgtag > 2:911588/1‑141 (MQ=255) cATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTgtagta > 2:152484/1‑141 (MQ=255) 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1:735094/141‑1 (MQ=255) tACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttttt > 1:374709/1‑141 (MQ=255) cATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttttttt > 2:1130908/1‑140 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCACAATAATGTTGTGATTTTTGTGATATGGGGTGGTAGAAGGTGGTATCATCTTTTTTAGTGTTAAGTATACTCAGGTCATGGCTCACGGTATGTGTGGTTTTTTTAGt < 2:96246/141‑1 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt < 2:634849/141‑1 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt > 2:196729/1‑141 (MQ=255) 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TGCATCAATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAA > CP000730/41026‑41305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |