| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,361,590 | C→T | 48.5% | R239H (CGT→CAT) | secY1 ← | Sec family Type I general secretory pathway preprotein translocase SecY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,361,590 | 0 | C | T | 48.5% | 1.4 / 141.0 | 95 | R239H (CGT→CAT) | secY1 | Sec family Type I general secretory pathway preprotein translocase SecY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/19); new base T (28/18); total (58/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
TGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGACTGGCTGG > CP000730/2361451‑2361729 | tGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACg > 1:171805/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGa > 2:1156021/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGa < 1:1098941/141‑1 (MQ=255) tCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAAc < 1:291140/141‑1 (MQ=255) tAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACgg < 1:1093310/141‑1 (MQ=255) aGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGc < 1:305064/141‑1 (MQ=255) cAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTc < 1:448640/141‑1 (MQ=255) aagaagAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGt < 1:670934/141‑1 (MQ=255) agaagaACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGACTTTTACGAACGGCTTCAAGTa > 2:1007998/1‑141 (MQ=255) gaagagCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTGATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTAc < 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1:835628/1‑141 (MQ=255) ttGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTg > 1:1139049/1‑141 (MQ=255) ttGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTg > 1:915157/1‑141 (MQ=255) cGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAg > 1:764382/1‑141 (MQ=255) gAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTTCAAATTGAATTAGAc > 1:1151764/1‑141 (MQ=255) tttATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGActggc > 2:483853/1‑141 (MQ=255) aCGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGActggctgg < 2:736039/141‑1 (MQ=255) | TGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGACTGGCTGG > CP000730/2361451‑2361729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |