| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,624,242 | C→T | 5.9% | intergenic (‑1572/+2464) | USA300HOU_2485 ← / ← sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,624,242 | 0 | C | T | 5.9% | 195.0 / 3.3 | 68 | intergenic (‑1572/+2464) | USA300HOU_2485/sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/29); new base T (2/2); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
ATCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATAT > CP000730/2624167‑2624380 | aTCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTTGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAgg > 2:687078/1‑141 (MQ=17)aTCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTTGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAgg > 2:687125/1‑141 (MQ=17)aTCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAgg > 1:692867/1‑141 (MQ=32) tCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGa > 1:416888/1‑141 (MQ=32) 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tCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAAt < 1:192596/141‑1 (MQ=34) aCCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATgg > 1:417640/1‑141 (MQ=35) aCCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATgg < 1:184148/141‑1 (MQ=35) aCCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCCTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATgg < 1:15315/141‑1 (MQ=25) tttACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAAt > 1:944994/1‑141 (MQ=35) tACTATTTATGTCTCCAGTTAATTTATTTTTTAATTTTGGCGTCGTTCTTCTCGTCCCACCCTTTTGTCCTTCTCCTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTCTATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAAttt < 2:796803/141‑1 (MQ=11) tACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGTATGGAAttt > 1:1184172/1‑141 (MQ=25) tACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAAttt < 1:168136/141‑1 (MQ=35) aCTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATttc > 1:176262/1‑141 (MQ=35) taataaTTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATttctt < 1:1008233/141‑1 (MQ=35) aataatTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGTAATttcttt > 2:761230/1‑140 (MQ=21) aataatTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATttcttc > 1:448827/1‑141 (MQ=35) atTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCtttt < 1:923692/141‑1 (MQ=35) ttCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTc < 1:303632/141‑1 (MQ=35) ttCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTc < 1:773618/141‑1 (MQ=35) ttCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTc < 2:439377/141‑1 (MQ=34) ctcCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTTTTTTTTTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCtt > 2:978884/1‑140 (MQ=255) ctcCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTa > 1:455500/1‑141 (MQ=35) tcCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTAc > 1:756212/1‑141 (MQ=35) tcCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTAc < 1:479979/141‑1 (MQ=35) tcCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTATCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTAc > 1:861986/1‑141 (MQ=25) ccAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTACATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACa > 1:912437/1‑141 (MQ=21) ccAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACa > 1:1105842/1‑141 (MQ=35) ttAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCg > 2:75357/1‑141 (MQ=35) aaTGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAg < 2:1021713/141‑1 (MQ=35) aTGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGt < 1:1015805/141‑1 (MQ=35) tGGATTTTTTAGTGTTGGCGTTGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGtc < 1:687125/141‑1 (MQ=25) tGGATTTTTTAGTGTTGGCGTTGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGtc < 1:687078/141‑1 (MQ=25) tGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCCTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGtc > 2:3162/1‑141 (MQ=25) aTTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTTTTTTTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTcc > 2:220140/1‑141 (MQ=255) ttttttAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTACATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCt < 1:256476/141‑1 (MQ=25) tttttAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCtt > 1:360649/1‑141 (MQ=35) tttAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTACTGTCCCTCGTGCTACGTGAGGTTTACACTTGCGTTCTTTCTTGCATGGCATGACTTCTTTCTCGACAATCGAGTCTCCtttt < 2:592481/141‑1 (MQ=11) gtgtTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAg > 1:78774/1‑141 (MQ=35) tgtTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTTTTTCTTGAATGGTATTTCTTATTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAgg > 1:949634/1‑141 (MQ=255) tgtTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGATGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGTATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAgg > 1:949673/1‑141 (MQ=21) ttttttttcgtTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTTTTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTATTTTTTTGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTTTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGt > 2:688877/8‑141 (MQ=11) gtTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGt < 2:905434/141‑1 (MQ=35) gtTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGt < 1:184412/141‑1 (MQ=35) ggCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCa > 1:237707/1‑141 (MQ=35) ggCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCa < 1:997485/141‑1 (MQ=35) gtcgtTATTGTCTTCTCACGTTTTTGTCCTTCACTTGGTACGTTTTCTGTCACTGGTCCTAGATCAGGGTTACATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCatat > 2:238247/1‑141 (MQ=11) | ATCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTAATGGATTTTTTAGTGTTGGCGTCGTTATTGTCTTCTCACCTTTTTGTCCTTCTCTTGTTACTTTTTCTGTCCCTGGTGCTAAATCAGGATTAAATTTACGTTCTTTCTTGAATGGAATTTCTTCTTTTTCTACAATCGAGTCTCCTTTTACAGGTCCATAT > CP000730/2624167‑2624380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |