| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,627,280 | T→A | 6.3% | intergenic (‑215/‑107) | sarT ← / → sarU | staphylococcal accessory regulator T/staphylococcal accessory regulator U |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,627,280 | 0 | T | A | 6.3% | 207.5 / 3.4 | 63 | intergenic (‑215/‑107) | sarT/sarU | staphylococcal accessory regulator T/staphylococcal accessory regulator U |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/35); new base A (2/2); total (25/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TGCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATATTATATATAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAATAAA > CP000730/2627149‑2627419 | tgCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACTCTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATATTATATATaa < 2:319586/141‑1 (MQ=255) ataAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATATTATATATAAAATATTTa > 1:867733/1‑141 (MQ=255) taAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAATTGAATTTGTCATTTGTGACTATGTGATTTTTATTTATTTATAGCTTATATATAATATATATATAAAatataaat < 2:586177/141‑5 (MQ=255) aaaCACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATATTATATATAAAATATTTAgg > 2:44946/1‑141 (MQ=255) 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2:6889/1‑141 (MQ=255) atatattatatatAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCaa < 1:1046100/141‑1 (MQ=255) atattatatatAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAATa < 2:781439/141‑1 (MQ=255) atattagatatAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATAATACTTTAAATAATATAAAGTATGGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGACTATCCATTGGACTATCAAACGTTCGAAAAGGTCAATa < 2:356060/141‑1 (MQ=255) attatatntAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACAACAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAATaca < 2:894438/141‑3 (MQ=255) attatatatAAGATATGTAGTTTAACATGTCTTTAAAAGTGATTGCTTTTATATTTCTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAATAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAATata < 2:801195/141‑3 (MQ=255) | TGCTAGCTATAAACACAAATGAATCATAACACTATATTTTGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATATATATTATATATAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAATAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAATAGTAGGAGAATGTAAGGTGGACTATCAAACTTTCGAAAAGGTCAATAAA > CP000730/2627149‑2627419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |