| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,696,558 | T→C | 5.3% | intergenic (+110/‑130) | USA300HOU_2551 → / → copA | hypothetical protein/P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,696,558 | 0 | T | C | 5.3% | 349.8 / 5.8 | 107 | intergenic (+110/‑130) | USA300HOU_2551/copA | hypothetical protein/P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/56); new base C (3/3); total (48/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) aaGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCaat > 1:950023/1‑141 (MQ=255) tAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCaataat < 1:534538/141‑1 (MQ=255) agagaTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtgtg > 1:836106/1‑141 (MQ=255) agaTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGc > 1:837019/1‑141 (MQ=255) gaTTGTTGTGCAATGTTTGCTAGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACGTATATACCTGTAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAACCACAGGGAGGCAATAATGTGGCt < 2:834653/141‑1 (MQ=255) aTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTa > 2:349178/1‑141 (MQ=255) ttgttgTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTaa < 1:252346/141‑1 (MQ=255) gttgtGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTAATa < 1:683247/141‑1 (MQ=255) gttgtGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTAATa < 2:148176/141‑1 (MQ=255) gttgtGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTAATa < 1:31495/141‑1 (MQ=255) ttgtGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGCAGTGGTATTGTGGCTAATAc > 1:961683/1‑141 (MQ=255) | GAAAGAATTTAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGCTAATAC > CP000730/2696418‑2696698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |