| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 41,171 | T→C | 8.0% | intergenic (‑38/‑134) | mecA ← / → mecR1 | penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 41,171 | 0 | T | C | 8.0% | 346.3 / 16.0 | 113 | intergenic (‑38/‑134) | mecA/mecR1 | penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/57); new base C (5/4); total (52/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGCTC > CP000730/41032‑41310 | aaTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt < 1:394813/141‑1 (MQ=255)aaTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt < 2:863285/141‑1 (MQ=255)aaTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTCTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt < 1:107257/141‑1 (MQ=255) aTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTa < 1:579077/141‑1 (MQ=255) tAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCTTCTATATTCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTAc > 2:145769/1‑141 (MQ=255) tAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAATAtactac < 1:1057349/141‑1 (MQ=255) ttatgactaATGTCTTTATCCTGTAAATCATAAAAATATATACCAAACCCTACAACTACAACAATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCGTTTTCATCAAAATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACaa < 2:827580/134‑1 (MQ=255) tattatTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACaaa > 1:1669/1‑141 (MQ=255) tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 1:359007/141‑1 (MQ=255) tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 2:638870/141‑1 (MQ=255) tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 2:665055/141‑1 (MQ=255) tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGAATACATTTGTAGTATATTACAAATgt > 1:343564/1‑141 (MQ=255) ttaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgtag > 1:23863/1‑141 (MQ=255) taATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAATATACTACAAATgtagt < 1:329788/141‑1 (MQ=255) ttCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTAttt < 1:304702/141‑1 (MQ=255) ttCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCAGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATTTTCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTAttt < 1:986871/141‑1 (MQ=255) tCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATCTATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAACTGTAGTATTTa > 2:653930/1‑141 (MQ=255) ttATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGt > 1:291400/1‑141 (MQ=255) ttATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGt < 1:196700/141‑1 (MQ=255) tCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCaa > 1:980330/1‑141 (MQ=255) ttGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACANCTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCACaata > 1:202384/1‑141 (MQ=255) aGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGt < 1:34943/141‑1 (MQ=255) gCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGtt < 2:551969/141‑1 (MQ=255) gCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGtt > 2:842344/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:815710/141‑1 (MQ=255) aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:111017/141‑1 (MQ=255) aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:230743/141‑1 (MQ=255) aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat > 1:166806/1‑141 (MQ=255) tAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGCCAAAATAATGTtata < 2:400014/141‑1 (MQ=255) aaTATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATTAATATTCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAATATTATGTTATAAttt > 2:451475/1‑141 (MQ=255) tataACAAACACGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAAAAAAAAAAAAAAAATAATGTTATAATTTTtgt < 2:972253/141‑1 (MQ=255) ataCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTtgtg > 2:51195/1‑141 (MQ=255) taCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGa < 1:1094979/141‑1 (MQ=255) aCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGat > 2:187456/1‑141 (MQ=255) aaaCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATg < 2:232389/141‑1 (MQ=255) aaaCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATg < 1:715312/141‑1 (MQ=255) aCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGa < 1:444192/141‑1 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg < 2:313130/141‑1 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg > 1:1022147/1‑141 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg < 1:743385/141‑1 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg < 2:642342/141‑1 (MQ=255) gACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGgtg > 2:1157518/1‑141 (MQ=255) acaactacaactATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCTTCTATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGgtgt > 2:546134/1‑141 (MQ=255) aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 1:44186/141‑1 (MQ=255) aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 2:1156811/141‑1 (MQ=255) aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 2:566459/141‑1 (MQ=255) ctacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGaa < 1:466941/141‑1 (MQ=255) tacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAg < 2:267411/141‑1 (MQ=255) acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGatat > 2:1135360/1‑127 (MQ=255) acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGatat < 1:1135360/127‑1 (MQ=255) acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAgg > 2:416265/1‑141 (MQ=255) aTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTat > 2:467715/1‑141 (MQ=255) aTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTat < 1:51195/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTatcat > 1:820964/1‑141 (MQ=255) aTAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtt < 2:127116/141‑1 (MQ=255) aaGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttt > 2:206203/1‑141 (MQ=255) aggggAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt < 2:188422/138‑1 (MQ=255) aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACTTTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt < 2:1030803/141‑1 (MQ=255) aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt > 1:1176971/1‑141 (MQ=255) aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt < 2:711498/141‑1 (MQ=255) gTGGAACAATTTTTTTTTTTTTTTTCAATATACTACTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGTGTTGTAGTTGGTGTTATCATCtttttt > 2:96039/1‑141 (MQ=255) gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt < 2:569020/141‑1 (MQ=255) gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt > 2:1141773/1‑141 (MQ=255) gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt > 1:469785/1‑141 (MQ=255) gTGGAACAATTTTTAACTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt < 1:992600/141‑1 (MQ=255) tGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAACTGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTa < 1:570868/141‑1 (MQ=255) aaCAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATg > 1:148765/1‑141 (MQ=255) aaCAATGTTTATCTTTTTCATCAAGATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTctcacccctcttaagg > 2:345468/1‑129 (MQ=255) aCAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGt > 1:534981/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTa > 2:531349/1‑141 (MQ=255) tttttATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAg > 1:1015272/1‑141 (MQ=255) ttATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGtat < 2:1039249/141‑1 (MQ=255) tCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAAt > 1:768727/1‑141 (MQ=255) tttCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGt < 1:207764/141‑1 (MQ=255) ttCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGtt > 2:1042764/1‑141 (MQ=255) tcatcaATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTc > 1:356981/1‑141 (MQ=255) tcaATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCAtt > 1:398567/1‑141 (MQ=255) aaTATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTTAACTTTTTCAGTTCATTGc > 1:665046/1‑141 (MQ=255) ttttaCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAACTAATGTTATAATTTTTTTGATATGGTGTTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCt > 2:963055/4‑141 (MQ=255) tataCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTc < 1:638962/141‑1 (MQ=255) atataAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATAtgtg > 1:639434/1‑141 (MQ=255) atataAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATAtgtg < 1:585640/141‑1 (MQ=255) ataAGACTACATTTGGAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGATAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTa < 1:990055/141‑1 (MQ=255) taAGACTACATTTGTAGTATATTACACATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTaa < 1:1125838/141‑1 (MQ=255) aaataCTACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTaa > 1:1008038/5‑141 (MQ=255) gACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAttt < 1:735094/141‑1 (MQ=255) aCTACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttt > 2:861679/1‑141 (MQ=255) tACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttttt > 1:374709/1‑141 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCACAATAATGTTGTGATTTTTGTGATATGGGGTGGTAGAAGGTGGTATCATCTTTTTTAGTGTTAAGTATACTCAGGTCATGGCTCACGGTATGTGTGGTTTTTTTAGt < 2:96246/141‑1 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt < 2:634849/141‑1 (MQ=255) tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt > 2:805240/1‑141 (MQ=255) tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:23863/141‑1 (MQ=255) tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 1:502069/1‑141 (MQ=255) tGTAGGATATTAAAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATTTTATAATTTTTGTGATATTGAAGTGGAGAAGGTGTTAATAACTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:917863/141‑1 (MQ=255) tGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 2:1031577/1‑141 (MQ=255) aatataCTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGaa > 2:504329/3‑141 (MQ=255) tatTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGct > 1:307238/1‑141 (MQ=255) tatTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGct > 1:141272/1‑141 (MQ=255) atTACAAATGTATTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGctc < 2:343564/141‑1 (MQ=255) atTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGctc < 2:696371/141‑1 (MQ=255) | AATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGCTC > CP000730/41032‑41310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |