Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 509,502 | T→C | 10.5% | I85T (ATT→ACT) | dnaZX → | DNA‑directed DNA polymerase III gamma and tau subunits |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 509,502 | 0 | T | C | 10.5% | 97.0 / 3.5 | 38 | I85T (ATT→ACT) | dnaZX | DNA‑directed DNA polymerase III gamma and tau subunits |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/10); new base C (2/2); total (26/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GAGGTACGGGGAAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAATCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAACCTTGTAATGAATGTCATATTTGTAAAGGCATTACGCAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCTTTTAATGCCCTTT > CP000730/509364‑509642 | gagGTACGGGGAAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAATCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAACCTTGTAATGAATGTCATATTTGTAAAGGCATTACGCAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTg < 2:156511/141‑1 (MQ=255) tACGGGGAAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAGTCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAAACTTGTAATGAATGTCATATTTGTAAAGGAATTACGTAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGTtgc > 2:352897/1‑141 (MQ=255) gggTAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAATCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAACCTTGTGATGAATGTCATATTTGTCAAGGCATTACGCAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGATgctgct > 2:431482/1‑141 (MQ=255) ggAAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAATCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAACCTTGTAATGAATGTCATATTTGTAAAGGCATTACGCAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTa < 2:131737/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gggACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTa > 2:56821/1‑141 (MQ=255) tAATTCAGATGTGATAGAAACTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTaacaac < 1:141574/141‑1 (MQ=255) tAATTCAGATGTGATAGAAACTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTaacaac < 1:141677/141‑1 (MQ=255) ttCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAgg < 2:324557/141‑1 (MQ=255) ttCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAgg > 1:479476/1‑141 (MQ=255) ttCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAgg > 2:469894/1‑141 (MQ=255) tCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGt < 2:68914/141‑1 (MQ=255) gtgATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCtttt < 1:28431/141‑1 (MQ=255) tgggaGAAATTGATGCTGCGGGTAATAATGGGGTGGATGAAATAAGAAAGATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAAGTGCACATGCTAACAACAGATGCTTTTa > 2:427215/5‑141 (MQ=255) aTTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCTTTTAATGCCCtt > 1:173304/1‑141 (MQ=255) aTTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCTTTTAATGCCCtt > 1:173303/1‑141 (MQ=255) ttGATGCTTCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGATAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTTACAACAGGTGCTTTTAATGCCCttt < 2:275125/141‑1 (MQ=255) ttGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCTTTTAATGCCCttt < 1:352897/141‑1 (MQ=255) | GAGGTACGGGGAAAACGAGTATTGCCAAAGTGTTTGCTAAAGCAATCAACTGTCTAAATAGCACTGATGGAGAACCTTGTAATGAATGTCATATTTGTAAAGGCATTACGCAGGGGACTAATTCAGATGTGATAGAAATTGATGCTGCTAGTAATAATGGGGTTGATGAAATAAGAAATATTAGAGACAAAGTTAAATATGCACCAAGTGAATCGAAATATAAAGTTTATATTATAGATGAGGTGCACATGCTAACAACAGGTGCTTTTAATGCCCTTT > CP000730/509364‑509642 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |