| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 762,336 | A→G | 7.1% | H162R (CAT→CGT) | ycsN → | possible aldo/keto reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 762,336 | 0 | A | G | 7.1% | 166.6 / 4.0 | 56 | H162R (CAT→CGT) | ycsN | possible aldo/keto reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/26); new base G (2/2); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
AATTTGAATGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCATGTTCA > CP000730/762197‑762474 | aaTTTGAATGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCAt < 1:167100/141‑1 (MQ=255) gttGAATGTAGATTATTTAGATATTGTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCGGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTc > 2:41833/2‑141 (MQ=255) aaTGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCGTTCACaa > 2:224253/1‑141 (MQ=255) aaTGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCGTTCACaa > 2:224344/1‑141 (MQ=255) aTGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAAt > 2:238852/1‑141 (MQ=255) gTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATAc > 1:445373/1‑141 (MQ=255) gATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCaa < 1:118560/141‑1 (MQ=255) attattTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAAt < 1:297617/141‑1 (MQ=255) aGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCAt > 2:327572/1‑121 (MQ=255) aGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCAt < 1:327572/121‑1 (MQ=255) caCTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAATCTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAatata < 2:28376/140‑1 (MQ=255) tcattcatCGTCGTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATAtatta < 2:9961/141‑1 (MQ=255) atCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATgaaag < 1:142585/141‑1 (MQ=255) tCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATcaaaga > 2:479699/1‑141 (MQ=255) ccTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAaagaaaga > 1:329341/1‑141 (MQ=255) ccTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAaagaaaga > 2:360392/1‑141 (MQ=255) cTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGAc > 1:348204/1‑141 (MQ=255) cTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGAc < 2:180509/141‑1 (MQ=255) cTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGAc < 1:315468/141‑1 (MQ=255) cTTCACCATTGATGGAGCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGAc < 2:347821/141‑1 (MQ=255) tctccATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTa < 2:11850/138‑1 (MQ=255) aCCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACa > 1:9061/1‑141 (MQ=255) ccATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACat < 1:285309/141‑1 (MQ=255) gATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCatc < 2:187572/141‑1 (MQ=255) ccAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCatcaat > 2:60311/1‑141 (MQ=255) gAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCAtcaatcaa > 1:262561/1‑141 (MQ=255) cAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAAC‑ATGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAg > 2:489384/1‑141 (MQ=255) gCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTa > 2:499671/1‑141 (MQ=255) cTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTAt > 1:188105/1‑141 (MQ=255) aCTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCAc < 2:33134/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACg > 1:433095/1‑141 (MQ=255) tAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGGTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGt < 1:41833/141‑1 (MQ=255) aaaCTTGTTAAACAAGCTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTAAGAAAGAAAGCCTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGtt < 2:339981/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGa > 1:230836/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGa > 1:282112/1‑141 (MQ=255) gTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGt > 1:86864/1‑141 (MQ=255) gTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGt < 2:182798/141‑1 (MQ=255) tAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGttt < 1:311515/141‑1 (MQ=255) aaacatgTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTAc < 1:489384/135‑1 (MQ=255) aaCAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCGTTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTAc < 1:224344/141‑1 (MQ=255) aaCAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCGTTCACAATACCAATTGTTAAATAAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTAc < 1:224253/141‑1 (MQ=255) aaCAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTAc > 1:233681/1‑141 (MQ=255) aaCAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAAGTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTAc > 2:300081/1‑141 (MQ=255) ggTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCTCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGAt < 2:397885/141‑1 (MQ=255) tAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATgg < 2:273634/141‑1 (MQ=255) aaGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGa < 2:475202/141‑1 (MQ=255) aaGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGa < 2:475144/141‑1 (MQ=255) aGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGaa > 2:86821/1‑141 (MQ=255) gTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAAc > 2:16581/1‑141 (MQ=255) ttGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACa < 1:351597/141‑1 (MQ=255) ggTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTa < 1:202071/141‑1 (MQ=255) tCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCaa > 2:118064/1‑141 (MQ=255) ttttAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCa > 2:191134/1‑141 (MQ=255) tCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCATGTTCa > 2:488969/1‑141 (MQ=255) tCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCATGTTCa < 1:291578/141‑1 (MQ=255) tCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGATTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCAGGttta > 1:23176/1‑139 (MQ=255) | AATTTGAATGTAGATTATTTAGATAGTCTACTCATTCATCGTCCTTCACCATTGATGGATCCAGAACAAGTTGCTGATGCATTAACTAAACTTGTTAAACAAGGTAAGTTGAAGTCATTCGGGGTGTCGAATTTTAATCATTCACAATACCAATTGTTAAATCAATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAGTTTACAAGATGGAACAATGGATTCAATGTATCAAAACCATGTTCA > CP000730/762197‑762474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |