| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 770,855 | A→G | 9.6% | intergenic (+41/‑212) | ebsC → / → fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 770,855 | 0 | A | G | 9.6% | 121.9 / 4.8 | 43 | intergenic (+41/‑212) | ebsC/fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/14); new base G (2/2); total (27/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
GAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTTTGTG > CP000730/770721‑770995 | gAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAgaga < 1:128543/141‑1 (MQ=255) aGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGAt > 1:15625/1‑141 (MQ=255) tggGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGACAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAt > 2:277097/1‑141 (MQ=255) gggCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAtt > 2:302353/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) | GAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTTTGTG > CP000730/770721‑770995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |