Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 770,860 | G→A | 9.5% | intergenic (+46/‑207) | ebsC → / → fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 770,860 | 0 | G | A | 9.5% | 123.5 / 4.5 | 43 | intergenic (+46/‑207) | ebsC/fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/14); new base A (2/2); total (27/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 |
GAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTTTGTG > CP000730/770721‑770995 | gAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAgaga < 1:128543/141‑1 (MQ=255) aGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGAt > 1:15625/1‑141 (MQ=255) tggGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGACAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAt > 2:277097/1‑141 (MQ=255) gggCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAtt > 2:302353/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCAttt > 1:432753/1‑141 (MQ=255) aaTCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTc > 2:181758/1‑141 (MQ=255) aTCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGGCAGAAATGAA‑‑TTTTATaaaaatttcatctct < 1:40256/141‑12 (MQ=37) caATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGGCAGAAATGAATTTTATAAAAATTTCATCTCTgtca < 1:263761/141‑4 (MQ=37) caATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCca > 1:2876/1‑141 (MQ=255) aTAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCcaca > 2:412979/1‑141 (MQ=255) tAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTAATTTCTGCCacac > 2:456298/1‑141 (MQ=255) aGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACt < 1:346052/141‑1 (MQ=255) aTTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAAtt < 1:202596/141‑1 (MQ=255) aCAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGCGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGc < 2:194867/141‑1 (MQ=255) aataaataAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAGATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCAt < 1:201931/141‑1 (MQ=255) aaTAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCAt < 2:20574/141‑1 (MQ=255) aaaGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGa > 1:302468/1‑141 (MQ=255) aaGGCAAAATTGGGGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTAGGGGGCAAGAATAGTAGTGTGTCAGATTTGATACTTTCATAAAATTCATTTTTTCGATAGTCCTTTTTGCTTGTATTAGCAttttgtggg > 2:349047/1‑136 (MQ=255) aaGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTAATTGAATTAGCATTTTACGAt > 2:28547/1‑141 (MQ=255) aaTTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAAc > 1:141850/1‑141 (MQ=255) gAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCa > 2:224437/1‑141 (MQ=255) aGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTGTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATtat > 2:445542/1‑141 (MQ=255) gTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATtata > 2:420333/1‑141 (MQ=255) gTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATtata > 1:351858/1‑141 (MQ=255) ttATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATaa > 1:288121/1‑141 (MQ=255) tATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCCTAAACAGTCATTATAAt < 1:161953/141‑1 (MQ=255) tCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTg < 2:182881/141‑1 (MQ=255) tCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTg < 1:206249/141‑1 (MQ=255) ccATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGa < 2:461500/141‑1 (MQ=255) atgaatgaTTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGt < 1:104470/141‑1 (MQ=255) atgaatgaTTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGt < 1:104634/141‑1 (MQ=255) gaatgaTTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTAt > 1:414992/1‑141 (MQ=255) tgaTTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTg < 1:190952/141‑1 (MQ=255) ttAATAACAAGAAAAAGAATGGGGCAAGATTACGAGGGTGACAGAGAGGAAATAATTATAAAATACATTTCTGCCAGACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGCGTATTTGAAc > 2:362922/1‑141 (MQ=255) ttAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAAc > 1:66032/1‑141 (MQ=255) aacaacAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATaaa > 1:471448/1‑141 (MQ=255) aaGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAAtt > 1:282321/1‑141 (MQ=255) tATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTa > 2:222248/1‑141 (MQ=255) aTTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAAtt < 2:389536/141‑1 (MQ=255) aGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGa > 1:245004/1‑141 (MQ=255) ggAGTGTGGCAGAAATGAATTTTATAAAAATTTCATCTCTGTCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAg > 2:214021/1‑141 (MQ=25) gAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAgt > 2:145484/1‑141 (MQ=255) tgtgGCAGAAATGAATTTTATAAAAATTTCATCTCTGTCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGtt > 2:280087/1‑141 (MQ=25) aCAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTTtgtg < 1:258210/141‑1 (MQ=255) | GAGTGGTGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTTTGTG > CP000730/770721‑770995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |