| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 937,158 | T→A | 7.5% | intergenic (+65/‑1952) | yumB → / → USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 937,158 | 0 | T | A | 7.5% | 202.4 / 6.8 | 63 | intergenic (+65/‑1952) | yumB/USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/32); new base A (3/2); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
GAAAAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTA > CP000730/937018‑937295 | gAAAAAAGTGATTGATAAACGTGCAGTATACAAAATCGGTGGTATAGGAATAGAATTAAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAgtgt < 2:75465/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCa > 1:58823/1‑141 (MQ=255) aaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACt < 2:206537/141‑1 (MQ=255) aaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTg < 1:408492/141‑1 (MQ=255) aGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACTGa < 1:301648/141‑1 (MQ=255) gTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGaa > 1:165409/1‑141 (MQ=255) gattgatACACGTGTGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCATTGAAgg < 2:414736/141‑1 (MQ=255) gattcatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGAATAAAAAAAAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg < 2:489552/141‑1 (MQ=255) gaatgatACACGTGAGATATTAAAAATCGTTGGTATCGGTTTAGCATTAAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg < 2:489574/138‑1 (MQ=255) ttgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGc < 1:495835/141‑1 (MQ=255) ttgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGc < 1:136151/141‑1 (MQ=255) tgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCt > 2:170081/1‑141 (MQ=255) cacGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAtt > 2:290755/1‑141 (MQ=255) cGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTATAGGCTTTAAATAAATTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAttgt > 1:238732/1‑141 (MQ=255) gTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAttgtt > 1:116145/1‑141 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAc < 2:34637/141‑1 (MQ=255) gTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACa < 2:343486/141‑1 (MQ=255) ttCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACTTTAtaaatgaataatt < 1:90192/141‑13 (MQ=37) tCAAAATCGGTGGCATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAttt > 2:15603/1‑141 (MQ=255) attggtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGt < 2:351691/138‑1 (MQ=255) tAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAAt > 1:121963/1‑141 (MQ=255) agaaTTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATc < 2:237755/138‑1 (MQ=255) aGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTGTTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATc > 1:330668/1‑141 (MQ=255) gCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCt > 1:15460/1‑141 (MQ=255) aaaGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTa > 2:375490/1‑141 (MQ=255) aaGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTAc > 1:156259/1‑141 (MQ=255) ggTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACAt < 2:370097/141‑1 (MQ=255) ggTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACAt > 1:212916/1‑141 (MQ=255) gTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACAtt < 1:487421/141‑1 (MQ=255) tAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTa < 1:495683/141‑1 (MQ=255) aaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATg < 1:294967/141‑1 (MQ=255) aTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGa < 1:379020/141‑1 (MQ=255) cTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAtt < 2:30654/141‑1 (MQ=255) tAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAttt < 1:235603/141‑1 (MQ=255) aGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAtttt > 2:316227/1‑141 (MQ=255) aGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAtttt < 1:436252/141‑1 (MQ=255) aGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATACATTTATAAAGTCCTGCAGTGTCACTGAAAGGCTATATTTTTGTAGAATTGGAAGTGTGTAACATATCAAAGCTAAGGAGGAACATTATGAAtttt > 2:53121/1‑141 (MQ=255) ggCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTtta > 2:132442/1‑141 (MQ=255) tCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACt > 2:160178/1‑141 (MQ=255) aGCTAAAAACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGCAGGGCTTTATTGTTGTACCATTTGACTTGACTAACATATCAAACCTCAGGAGGTACATTATGACTTTTAAATTCAATACCACACTaa < 2:139494/141‑1 (MQ=255) tAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCa < 1:337829/141‑1 (MQ=255) aaaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCaa < 1:185147/141‑1 (MQ=255) aaaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCaa < 1:497494/141‑1 (MQ=255) aaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAAc < 1:2979/141‑1 (MQ=255) aaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAAc < 1:296784/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGAAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaataa > 1:426923/1‑141 (MQ=255) ttaaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTTGGCAACGATATAGATAc < 2:276425/141‑1 (MQ=255) aaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAt < 1:466837/141‑1 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAtt > 1:200590/1‑141 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAtt > 2:36086/1‑141 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAtt > 1:200512/1‑141 (MQ=255) attattCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTg > 1:408674/1‑141 (MQ=255) attagtCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAAGCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTg < 2:415442/141‑1 (MQ=255) attCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGatt < 2:92974/141‑1 (MQ=255) tCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGattat > 1:361901/1‑141 (MQ=255) tttATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAGGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg > 1:446876/1‑141 (MQ=255) aaGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAcc > 1:184309/1‑141 (MQ=255) gcccTTCAGTGACACTGAAGGAATTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 2:493243/3‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 1:413223/1‑141 (MQ=255) ccTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACACTTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGaa > 1:329703/1‑141 (MQ=255) ttCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACa > 1:459094/1‑141 (MQ=255) tCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACAt < 1:234829/141‑1 (MQ=255) cAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACAtt < 1:436905/141‑1 (MQ=255) cAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACAtt < 2:242401/141‑1 (MQ=255) gtgtCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTa > 1:326193/1‑141 (MQ=255) | GAAAAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTA > CP000730/937018‑937295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |