| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 119,853 | C→A | 38.7% | G254W (GGG→TGG) | yjbB ← | possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 119,853 | 0 | C | A | 38.7% | 56.3 / 54.1 | 54 | G254W (GGG→TGG) | yjbB | possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base A (13/8); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
TTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCG > CP000730/119716‑119977 | ttGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACGAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGac < 1:385415/141‑2 (MQ=255) tGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGAtt > 1:10340/1‑141 (MQ=255) cAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGtt < 2:442099/141‑1 (MQ=255) aaGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTaa < 1:327440/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGcgccg < 1:378500/141‑1 (MQ=255) tgATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGttt < 2:489428/141‑1 (MQ=255) gATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGtttt < 2:70386/141‑1 (MQ=255) tACTGNAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGc < 1:200958/141‑1 (MQ=255) cTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAg > 1:464985/1‑141 (MQ=255) aattgTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCGAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGAt < 2:117699/137‑1 (MQ=255) aTCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGAtt > 2:190894/1‑141 (MQ=255) gTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAg < 2:406297/141‑1 (MQ=255) cATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGcc > 1:228800/1‑141 (MQ=255) cATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGcc > 1:103509/1‑141 (MQ=255) aTCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCg < 1:42297/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGa > 1:123031/1‑141 (MQ=255) cATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATa > 2:46871/1‑141 (MQ=255) tAAATCTTGTAACAAACTCATCAAATGACGCACCACTGGCAAGAAAATGGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGGTGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGc < 1:359201/141‑1 (MQ=255) aaTCTTGTAACAGACTAATCAAATGACTCACAACGGGCAAGAAAATTGTGACGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTg > 2:8466/1‑141 (MQ=255) tCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTa > 1:377839/1‑141 (MQ=255) cTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTaa < 1:495890/141‑1 (MQ=255) gTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCg > 1:462740/1‑141 (MQ=255) gTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGCTGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCg > 1:253100/1‑141 (MQ=255) tAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGt < 1:97459/141‑1 (MQ=255) tAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCaa < 1:203222/141‑1 (MQ=255) aaTCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAAt < 2:328533/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAg > 2:460810/1‑141 (MQ=255) gCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAg > 2:13999/1‑141 (MQ=255) cAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAACTTAAAGATGACGTGTACAATCGCCGCACGGTTTGCAGCGATTGAGCCGGCCAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTACTAGATAGTAACACAgg > 2:390785/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGAAGATAATTACCCCTATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACTTTTTGCAGCAATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAACTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgc < 2:378151/141‑1 (MQ=255) aTTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgct < 2:464985/141‑1 (MQ=255) aTTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgct < 2:437801/141‑1 (MQ=255) ttGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgctg > 2:442406/1‑141 (MQ=255) gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGTCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 1:416662/1‑141 (MQ=255) gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 2:470828/1‑141 (MQ=255) gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGACGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 1:416685/1‑141 (MQ=255) | TTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCG > CP000730/119716‑119977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |