New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =82 (1.170)5 (0.080) 4/226 NT 7.0% coding (806/822 nt) metQ ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 61 (1.000)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880
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gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                            >  1:105567‑M2/1‑139 (MQ=255)
 ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttt                                                                                                                                           <  1:400601‑M2/141‑4 (MQ=255)
  tgttTTCAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat                                                                                                                                          >  2:455032‑M2/1‑137 (MQ=255)
     tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTCTAAATGCATATATACAAATGTTTTGATTGCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattcc                                                                                                                                       >  2:805239‑M2/1‑134 (MQ=255)
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         aaGTGCAAAAAAAGTGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                                                   >  2:761656‑M2/1‑130 (MQ=255)
          aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  <  2:649999‑M2/141‑13 (MQ=255)
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            ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattgttgctaat                                                                                                                                <  1:305474‑M2/141‑15 (MQ=255)
            ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaa                                                                                                                                >  2:449284‑M2/1‑127 (MQ=255)
                 aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATCAACAATCAAGTTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                           <  1:616456/141‑1 (MQ=255)
                  aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          >  2:191178/1‑141 (MQ=255)
                    aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCaa                                                                                                                        >  2:627621/1‑140 (MQ=255)
                     aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata                                                                                                                       <  2:93356/141‑1 (MQ=255)
                         taTAATTTGGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa                                                                                                                   <  1:810776/140‑1 (MQ=255)
                         cATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa                                                                                                                   <  1:708315/141‑1 (MQ=255)
                                   aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTa                                                                                                         >  1:252381/1‑141 (MQ=255)
                                       aaaGGGCAAGGGTATGGATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAANTAANTNCTATTAATGGCTCAGTAAAGt                                                                                                     >  1:499122/1‑141 (MQ=255)
                                       aaaGGGCAAAGGTATAAATAATAAATTATCTGTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACCTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt                                                                                                     <  2:115385/141‑1 (MQ=255)
                                        aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATGTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATAGCTCTAGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGGTGAGTGACGTg                                                                                                    >  2:245555/1‑141 (MQ=255)
                                         aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGATAAATAAATCATATTAATGGCTCAATAACGtta                                                                                                   >  2:513755/1‑139 (MQ=255)
                                           ggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaat                                                                                                 <  1:711587‑M2/141‑46 (MQ=255)
                                             cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGtt                                                                                               <  1:247226/141‑1 (MQ=255)
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                                                       aataatAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTACTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCCGTAACATGATGTTGCTGGGCctt                                                                                     >  2:512290/1‑141 (MQ=255)
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                                                            taaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaat                                                                                <  1:288447/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                 aaagTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATAATATTAATGGCGCAGGAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTCTTTATATGATATTTAGGAATGAGATg                                           >  1:399538/4‑141 (MQ=255)
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                                                                                                       ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGATGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  2:486736/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaagtaaaaaagggcacaaaaggggcag                                    <  1:650203‑M2/141‑107 (MQ=255)
                                                                                                        tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag                                    <  1:333913‑M2/141‑107 (MQ=255)
                                                                                                         gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                                   <  1:461221/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         gATTGCACTTGAACTTACTTGATAATCTAGCTAATTATGCCTTCTAAATAAATGATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                                   >  1:581569/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                             gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTCAAAAGGTATTTATATGATATTTAGTGATGAATTGCTATTACGAATa                               >  2:344930/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGCTaa                              >  2:144265/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                              <  2:802839/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                               ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                             <  2:829159/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATTAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:299810/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:300180/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                cTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:576579/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  1:101658/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  2:305474/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaaaa                       <  2:684971/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      cTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattat                      <  1:412394‑M2/141‑121 (MQ=255)
                                                                                                                               tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgc             <  1:486736/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTCATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca            >  1:62904/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCGTATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTATGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc         <  1:475461/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATGTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTa   >  1:828669/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          attattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcagaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaaaaaaaaaaa  <  2:451799‑M2/141‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTGTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc  <  1:525327/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                            
GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.