| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 909,616 | C→A | 10.4% | intergenic (‑539/‑495) | ear ← / → USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 909,616 | 0 | C | A | 10.4% | 183.6 / 3.4 | 73 | intergenic (‑539/‑495) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/19); new base A (3/6); total (48/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
ATACATATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAA > CP000730/909477‑909754 | atacatgttGCTTGGTATCGTAGTGTTGTTATAGTCGCTACGCCAGTGATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTGATGTTATAGTATGAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCa < 2:665704/141‑1 (MQ=255)atacatataTCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCa < 1:383835/141‑1 (MQ=255) tatatCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCGAACCACACCACCTATTACTTTAGGAGAGTGGTTGTTTTCAAGAGAaaaaaa > 2:467348/1‑141 (MQ=255) tCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAggg > 2:247226/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaat > 2:508220/1‑141 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGACAAAAAAAGGGCATAAGTTTGGAACAAAGGACAAGGGTATGaat > 2:108789/1‑141 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAACACACAACCTAATAATTTAGGCGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAGAGGGCACGGGTATGaat > 2:576579/1‑141 (MQ=255) ccACTCATACCAGGTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCCAACAATCTATTATATTAGTCGTTTGTTTGTTTTTTGGCACAGAATAGAGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCACGGGTATGaat > 2:300180/1‑141 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCCAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaata > 2:565974/1‑141 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCAAAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaaaa > 2:793475/1‑139 (MQ=255) cACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAATGGCAAGGGTATGaata > 2:473429/1‑141 (MQ=255) aCTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGaataa < 2:599779/141‑1 (MQ=255) tAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAt < 2:224785/141‑1 (MQ=255) tagtGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGAAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTg < 2:204382/138‑1 (MQ=255) tACTGGGTTGTTGGTTTTATGGTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTAAAAAAGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTg < 2:434191/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtgGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCACAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCt < 1:288399/141‑1 (MQ=255) gtgGTTGTGTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATATTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAACAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTGTTGTTTGCCCTTGACCTTCCTTGATAAGCTGGCTa > 2:774537/1‑141 (MQ=255) gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt > 1:105567‑M2/1‑139 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttt < 1:400601‑M2/141‑4 (MQ=255) tgttTTCAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat > 2:455032‑M2/1‑137 (MQ=255) tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTCTAAATGCATATATACAAATGTTTTGATTGCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattcc 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ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaa > 2:449284‑M2/1‑127 (MQ=255) | ATACATATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAA > CP000730/909477‑909754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |