| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,337,959 | C→T | 100% | intergenic (‑125/‑119) | adhR ← / → USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 100.0% | 227.8 / NA | 72 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/25); total (47/25) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT > CP000730/2337824‑2338094 | ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc < 2:276337/141‑1 (MQ=255) aGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt < 2:678291/141‑1 (MQ=255) tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt > 2:234178/1‑141 (MQ=255) tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt < 2:559434/141‑1 (MQ=255) tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTACATATATTGTCATCTTCGTTTGATTACTTGTT‑TTATATGATTCCAAATGTAAGTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaa > 2:804297/1‑141 (MQ=255) gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:656646/1‑141 (MQ=255) tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTACATTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa > 1:782234/1‑141 (MQ=255) tATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat < 2:463999/141‑1 (MQ=255) tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:209718/1‑141 (MQ=255) cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTACata > 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2:675738/1‑141 (MQ=255) tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTCCTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 1:530647/1‑141 (MQ=255) cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt > 2:291495/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTAATATTGTTTa > 2:36377/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAACACTAAGATGTATAATATTTa > 1:57245/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTTATCGTTTTTAATTATGTTAAAGATTGTCTAACTTACATATTTAAAATTATAGAAGTCCGAAGATTGATAATAATTa > 2:280330/1‑141 (MQ=255) 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1:376919/1‑141 (MQ=255) tttattttattACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGCTATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:743894/140‑1 (MQ=255) cttTTTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:324517/141‑1 (MQ=255) cttATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:811488/141‑1 (MQ=255) tattttattACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAActt > 1:673897/1‑141 (MQ=255) tattaCT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAATATTAAGTATTTAATTAATTTATATATTGTTTAACTTATTTTTATAAAATGATATAATCACTTAACTTGATATTATTACATTTATTTAAAATTAtttt > 2:94749/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 2:517221/1‑141 (MQ=255) aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTATATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTGGCAATTTTTg > 2:292973/1‑141 (MQ=255) aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 2:307266/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTGCTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAATGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATCTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:754231/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGGTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTGTTgg > 1:211477/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg < 1:346363/141‑1 (MQ=255) tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTATTTAATTACTTTAAGAAATGTATAACTAGAATATTTAACATGATAAACTACCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATAATATTTTAGTTTAAATTTATggat > 2:353574/1‑139 (MQ=255) tGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa < 1:151692/141‑1 (MQ=255) gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGTTGAt > 1:90659/1‑141 (MQ=255) gTCTCTTTTTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGAt < 1:379078/141‑1 (MQ=255) tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg < 1:17394/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTCTAAAAATTGTATACCTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTTGGTGATGCGGAAAATTTGGGt < 1:720916/141‑1 (MQ=255) | TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT > CP000730/2337824‑2338094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |